如懿后期被魏嬿婉（剧中卫嬿婉）屡屡陷害，这些还不是最致命的。最致命的是如懿爱皇帝，她和姑母宜修都败在了对皇帝的痴情，不过如懿多了一份幸运。这个男人（弘历）爱如懿，先帝雍正并不爱宜修。
因为如懿深爱弘历，也因为中宫皇后的身份，在弘历乱来的时候就会直言劝谏弘历，尽皇后和妻子的准则和衷心。后期卫嬿婉利用鹿血酒虚耗皇帝身体，并且6p小分队争宠，在宫里花天酒地，这样下去必然伤身，如懿忧心如焚，直言劝谏却被弘历罚跪，弘历已从当初少不更事的少年成长蜕变为成熟帝王，他帝王的自私和疑心也不断暴露，加上心底的自卑，以及卫嬿婉等人的挑拨，对如懿愈加不满，在最后乾隆（弘历）下江南寻花问柳时，如懿终于看透，在南巡游船上与乾隆（弘历）断发决裂。后来如懿病入膏肓，眼看将要不久于人世，而在如懿死前卫嬿婉来翊坤宫向如懿炫耀自己如今的得意，如懿便在卫嬿婉走后便用匕首自戕陷害卫嬿婉，拖卫嬿婉下水，埋下卫嬿婉日后被扳倒的伏笔。（原著如懿结局是剧烈自裁，在翊坤宫用匕首自戕陷害卫嬿婉，剧版如懿结局是安然病逝，在翊坤宫停止服药最终在月光下安详地肺痨病逝了）。如懿至死握着当初的一块绣着（如懿）青樱＆红荔（弘历）的合欢手帕，如懿最后和姑母宜修一样，成了乌拉那拉氏的弃妇，但并未废后，不过最后以平凡女子的身份下葬，死后不与弘历同葬，在如懿死后，弘历才幡然醒悟自己对如懿的爱意之深，追念多年，并赐卫嬿婉“牵机药”令其惨死（原著卫嬿婉（魏嬿婉）被乾隆皇帝赐牵机药惨死，剧版卫嬿婉被乾隆皇帝命令春婵和王蟾日日给她灌下去当初下给十二阿哥永璂的蕈菇之毒，卫嬿婉被灌了9年的毒蕈菇汤，更是上了瘾，9年后被乾隆皇帝和太后钮祜禄·甄嬛商议用添加了大量鹤顶红的毒鸡汤毒杀致死），为如懿报仇。
