一般来说，学者都大约认定布袋戏起源为福建泉州，时间则约为17世纪左右。而之后发展上，布袋戏流派因发展区域横跨福建与台湾，加上不同时期的各自发展与交流融合，实在很难区分。若最粗概的以表演型态来论，约可分传统布袋戏与现代布袋戏。在此分类下，即使在布袋戏仍十分流行的台湾，传统布袋戏的观众远低于现代布袋戏。而普遍所称的布袋戏流派，实际往往就是指传统布袋戏的流派。
与布袋戏相似的同类艺术，在我国南北方称谓不一，在北京叫“苟利子”，在东北称“扁担戏”，在四川称“木脑壳戏”，在西安、兰州称为“耍杆子”，在闽东称“幔帐戏”，在宁波称“手套木偶”，在闽南和苍南、崇明岛、东南亚等闽南方言区均称之为“布袋戏”。
布袋戏起源于何时现已无法明确考证。晋代王嘉《拾遗录》记载： “南陲之南，有扶娄之国，其人善机巧变化……或于掌中备百兽之乐，宛转屈曲于指间。人形或长数分，或复数寸，神怪倏忽，玄丽于时。”女学者丁言昭曾在蜚声中外的敦煌莫高窟31窟中发现一幅画于盛唐的壁画《弄雏》，画的是一个妇女举起手臂，运用指掌给孩子们作表演的情形。王嘉关于指掌中技艺的记述和唐壁画所描绘的情境，与今之布袋戏有相似之处，若为同一形态，那么，布袋戏或者可以说布袋木偶的出现应在唐或晋之前，但没有发现更明确的记载，还是难以作为布袋戏始见于唐代之前的确证。
苍南的单档布袋戏的来历有北入说和南入说两种，但从其称谓、以演文戏为主的表演风格、用闽南方言道白、在闽南方言区域行演等方面看，应源于闽南布袋戏的南派即安溪派，相传在清中后期随福建移民引入，据艺人李步连介绍，苍南五凤乡人鲁洪是苍南单档布袋戏主要流派之一五凤派最早学艺于福建泉州的艺人。但由于历史久远，人是物非，布袋戏在闽南已演变为多档形式，闽南已找不到古老的单档布袋戏，在苍南得以保存的单档布袋戏的源流也只能追溯至清道光年间。
经普查，从道光年间至今，在苍南现还能查清50多有姓有名的布袋戏艺人。这些艺人主要分灵溪派和五凤派两个流派，两个流派各有表演特色。
清代李斗的《扬州画舫录》载“……以五指运三寸傀儡，金鼓喧嗔，词白则用叫颡子，均一人为之 ，谓之肩担戏。”《扬州画舫录》所记的“肩担戏”，表演形式上与布袋木偶戏已较为相同。清嘉庆年间刊本的《晋江县志》卷七十二，《风俗志·歌谣》：“有习洞箫、琵琶，而节以拍者，盖得天地中声，前人不以为乐操土音，而以为御前清客，今俗所传弦管调是也。又如七子班，俗名土班，木头戏俗名傀儡。近复有掌中弄巧，俗名布袋戏。演唱一场，各成音节。”这是关于“布袋戏”称谓的最早记载。
布袋戏的历史相当久远，中国古籍《武林旧事》、《东京梦华录》中记载，宋朝宫廷宴会的礼单上就有掌中木偶戏。不过，就现今被人熟悉的传统布袋戏而言，该戏种起源，一般来说都是来自泉州的一则传奇故事。
传说中国明朝期间，有位屡试不中的秀才梁炳麟，在福建仙游县九鲤湖一座仙公庙祈求高中后，做了一个梦，梦中有一位老人在他手上写下“功名归掌上”后离去。梁秀才醒后非常高兴，认为是及第的吉兆，不料当次应试又名落孙山。失落之余，他开始向邻居学习悬丝傀儡戏，并发展出直接套在手中的人偶，凭着他的文学修养，出口成章，又能引用各种稗官野史，马上吸引了许多人来看他的表演，布袋戏从当地开始风行起来，梁秀才的名声也跟着水涨船高，此时他才领悟了“功名归掌上”这句话的意涵。除此之外，关于布袋戏起源尚有另一说法是明穆宗隆庆（1567-1572）年间，福建龙溪县的落第秀才孙巧仁所创。
布袋戏内台戏的延伸：17世纪中期，布袋戏已于闽南相当受欢迎，亦出现了类似肩担戏的模式。所谓肩担戏乃是由演出者肩担戏箱与舞台。至一定地点后，搭好简易舞台后，操纵者躲在布帏下，肩上简易木架舞台即成为人偶演出戏台。至18世纪，根据演出场所的不同，布袋戏不但出现职业团体，还视演出地点，分为室外演出的野台戏与在剧院演出的内台戏。其中，野台戏是戏班应邀请到各地演出，后来渐渐变成以迎神谢神祝寿为目的的表演，布景较为简单，演出人员也较少。
内台戏表演方式虽出现于18世纪，但是真正盛行是在20世纪后。内台戏布景较为华丽，操控木偶与音乐演出者也较野台戏多。然而受到电影、电视等新式娱乐型态的冲击之下，1980年代之后，除了少许特例之外，内台戏于闽南及台湾各地已相当少见。
另外一方面，内台戏亦于1960年代之后，发展出了电视布袋戏的此一支流。此种将戏台架设于电视摄影棚，于棚内演出的布袋戏戏种，不但于战后盛行于台湾，造成轰动。演出媒介及场所甚至还延展到1990年代之后的有线电视、录像带、电影、光碟及多媒体。
