燕王朱棣发动了靖难之役。
靖难之役，又称靖难之变，是建文元年（1399年）到建文四年（1402年）明朝统治阶级内部争夺帝位的战争。
明太祖朱元璋在位时把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早逝，洪武三十一年（1398年），皇太孙朱允炆继位，是为建文帝。建文帝与亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。
朱棣于建文元年（1399年）起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。建文帝起用老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。朱棣适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭南军主力，最后乘胜进军，于建文四年（1402年）攻下帝都应天（今江苏南京） 。
战争历时四年（1399—1402年）。战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。同年，朱棣即位，是为明成祖。
朱棣进入南京后，大肆杀戮曾为朱允炆出谋划策及不肯降附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等先后被杀，方孝孺更是被诛十族，造成空前的惨案。靖难之役给明初刚刚得到恢复的社会经济又带来不小的破坏，尤其是战争剧烈的地区，所受的破坏更大，形成“淮以北鞠为茂草”的情况。
