《还珠格格》萧剑的出现,大家才知道,原来小燕子还有一个哥哥,而且她还有爹娘,她的父亲叫方之航,母亲叫杜雪吟,只不过他们早就去世了。也正是这时候,小燕子才知道,原来自己的家乡在浙江杭州,从前还是个大户人家。小燕子真正的名字叫方慈,而萧剑的真正的名字叫方严。
但是,在很长一段时间里,小燕子只知道自己有父母,有哥哥,有家。并不知道自己的父母是被谁杀死了,也不知道自己家的仇人是谁。萧剑为了能让小燕子平安度过一生,一直没有将那些秘密告诉小燕子。但是其实在他心里,一直怀着一个秘密。
这个秘密事关方家的十九条性命和他爹娘的死,这个秘密也是对萧剑和小燕子在世的一个极大威胁。原来,方家的仇人正是乾隆皇上。当年小燕子的父亲因为写了一首诗,被皇上认为是有反清思想,于是下令斩杀方之航。不仅如此,连方家十九口人都被连累了。而小燕子萧剑的母亲,也因此而殉情了。