南通开发区和崇川区有什么区别呢

主要区别是崇川区是市辖区，开发区是经济区域，也属于建制区。

崇川区设区级人民政府及办事机构，开发区的管理机构为开发区管理委员会（南通市人民政府派出机构），下设条块办事机构。