《神秘海域3》是由Naughty Dog制作的动作冒险游戏，游戏主角为纳撒尼尔·德雷克（Nathan Drake），以下是游戏的详细剧情：
游戏开始，纳撒尼尔和好友维多利亚·“维克”·萨顿（Victor "Sully" Sullivan）在一艘海盗船上寻找“哈瓦那陀螺仪”，但是当他们将陀螺仪找到时，却发现它是一份地图。地图指向了亚洲的一座古城伊拉姆（Iram），伊拉姆是一个据说蕴藏了巨量财宝的城市，纳撒尼尔决定前往寻宝。
纳撒尼尔和他的好友一路探险，在沙漠、雪山、丛林中穿梭，遭遇了许多危险和敌人。他们发现自己不是唯一一组在寻找伊拉姆的财宝，一名女寻宝者凯瑟琳·玛洛尼（Katherine Marlowe）和她的手下也在追寻这个目标，而她似乎与萨顿有着一段不为人知的过去。
在寻找伊拉姆的过程中，纳撒尼尔发现凯瑟琳·玛洛尼的真正目的并不仅仅是寻找财宝，她想找到伊拉姆的秘密武器，这个武器据说可以控制其他国家的军队，成为世界霸主。
纳撒尼尔和维克最终找到了伊拉姆，但是他们发现城市已经被摧毁，凯瑟琳·玛洛尼和她的手下也在城市里面等待着他们。在一场大战之后，纳撒尼尔终于击败了凯瑟琳·玛洛尼，但是这场战斗却让伊拉姆彻底沉入了沙漠之中。
最后，纳撒尼尔和维克回到了家中，虽然他们没有找到财宝，但是他们之间的友情更加牢固了。游戏的结尾，纳撒尼尔也决定离开探险生涯，开始了新的生活。
