1.中国科学院北京分院
中国科学院北京分院是中国科学院的派出机构，于2005年3月1日成立，与京区党委采用一个机构，两块牌子的形式合署办公，负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作。
北京分院系统现有40个研究机构，2个公共支撑单位和2个其他单位。分院系统拥有3个国家实验室和47个国家重点实验室，10个国家工程实验室，13个国家工程（技术）研究中心，104个中国科学院重点实验室。
截至2018年底，北京分院系统共有在职职工2.91万余人。其中专业技术人员2.29万余人，包括高级专业技术人员11467人，中国科学院院士121人，中国工程院院士18人。
2.中国科学院沈阳分院
中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构,负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院系统现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。
沈阳分院系统各研究所（转制公司）拥有国家级重点实验室6个、国家工程中心10个，主要研究领域以技术科学和资源环境科学为主，包括化学与化工技术、材料科学与工程、工业控制与自动化、机器人技术、计算机应用与信息技术、数控技术、生物技术、能源科学与技术、农业技术、海洋技术、环境科学与工程、生态工程与环保技术等。
截至2019年底，沈阳分院系统拥有在职职工5279人，其中，专业技术人员4821人，高级研究人员2741人。在学研究生4396人，在站博士后562人，中国科学院院士14人，中国工程院院士7人。
3.中国科学院长春分院
中国科学院长春分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在吉林省和黑龙江省的研究所工作。1978年5月，经中央批准恢复成立中国科学院长春分院。
长春分院系统现有4个法人研究机构：长春光学精密机械与物理研究所、长春应用化学研究所、东北地理与农业生态研究所及国家天文台长春人造卫星观测站。
长春分院系统现有在职职工3325人，其中科技人员近2268人。现有中国科学院院士9人，中国工程院院士1人，发展中国家科学院院士4人，设有博士点16个，硕士点20个，现有国家级突出贡献专家5人，吉林省突出贡献专家64人，国家杰出青年基金获得者30人，国务院政府特殊津贴86人，博士后流动站7个，现有在学研究生1922人。
4.中国科学院上海分院
上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。
上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心。
上海分院现有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员9761人，所占比例71.15%，其中高级研究人员4087人。目前拥有的高端人才队伍中，有中国科学院院士54人，中国工程院院士15人。
5.中国科学院南京分院
中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在江苏地区的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导属地研究所党建、纪检和监察工作，负责江苏、江西两省的院地合作和中科院院士联络。
南京分院系统拥有国家重点实验室3个、国家工程实验室2个、部委综合实验室1个，中科院重点实验室11个（含筹）。建有野外工作台站15个，其中国家重点台站4个。
南京分院系统各研究所设有硕士学位培养专业点39个、博士学位培养专业点24个。2019年在读研究生2146名，其中硕士生1213名、博士生909名、留学生24人，在站博士后160人。
6.中国科学院武汉分院
中国科学院武汉分院筹建于1956年，1958年7月正式成立。1961年与广州分院合并成立中国科学院中南分院，武汉分院调整为中国科学院中南分院武汉办事处，1970年该办事处撤销。1978年，经国务院批准恢复中国科学院武汉分院建制。
武汉分院各研究所以基础研究、应用研究为主。其主要研究领域包括岩土力学工程、地层信息系统、地基工程、波谱与原子分子、电离层、原子频标、数学物理、普通病毒学、生物防治、分析生物技术、大地测量、地球物理、环境科学、水生态环境、水生生物资源、淡水渔业、植物资源保护与开发利用、植物遗传、水生植物等。
武汉分院系统各研究所现有硕士学位授权点25个，博士学位授权点15个，博士后工作流动站6个，硕士生导师260余人，博士生导师160余人。
7.中国科学院广州分院
中科院广州分院于1956年筹建，1958年12月成立。1961年广州分院与武汉分院合并成立中南分院。1969年中南分院撤销。1978年5月恢复广州分院。
广州分院为中科院机关派出机构，联系中科院在广东的南海海洋研究所、华南植物园、广州能源研究所、广州地球化学研究所、广州生物医药与健康研究院、深圳先进技术研究院、广州化学有限公司、广州电子技术有限公司，在湖南的亚热带农业生态研究所，在海南的深海科学与工程研究所。
广州分院拥有国家级和省部级重点实验室(工程实验室)44个，其中，国家重点实验室4个（1个为合作建设）、国家工程实验室2个（1个为合作建设），国家地方联合工程实验室4个（1个为合作建设）、中科院重点实验室14个、省级重点实验室20个、省级工程实验室2个。
广州分院拥有博士学位培养点39个，硕士学位培养点52个，专业硕士点20个，博士后科研流动站8个，博士后科研工作站2个。
8.中国科学院成都分院
成都分院前身系1958年11月成立的中科院四川分院，1962年调整更名为中科院西南分院，1970年由中科院移交四川省管理，1978年1月恢复重建后使用现名，是西南地区综合性的科学研究基地、高级人才培养基地和高新技术产业化基地。
成都分院是中科院派出机构，负责联系院属成都、重庆地区的研究所、中心和转制企业，包括光电所、成都生物所、成都山地所、重庆研究院、成都文献情报中心、成都有机公司、中科信息公司、成都唯实公司。
截至目前，成都分院系统各单位有在职职工3200余人。其中，科技人员2300余人，含研究员270余人、副研究员730余人、中国科学院院士2人、中国工程院院士1人。有博士后流动（工作）站6个、博士学位授权点25个、学术型硕士学位授权点32个、专业硕士学位授权点14个。有研究生导师570余人，在读硕、博士研究生1300余人（留学生57人）。
9.中国科学院昆明分院
中国科学院昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1958年扩建为中国科学院云南分院，1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并，共同在成都成立中国科学院西南分院。1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。
昆明分院建有4个国家重点实验室，6个院重点实验室，8个院地共建重点实验室，2个院级研究中心，3个共建工程中心，有中国西南野生生物种质资源库、探月工程地面应用系统40米射电望远镜、亚洲最大口径的2.4米通用光学望远镜、亚洲最大的地面太阳观测基地-抚仙湖一米太阳塔、西双版纳万种植物园和昆明动物博物馆、西南生物多样性实验室等重大科研平台，拥有一批先进的大型科研仪器设备和完善的计算机网络系统及生物多样性信息系统。
截止2017年底，昆明分院系统共有在职职工2078人（包含所属单位人员），其中科技人员1744人，包括中国科学院院士7人，第三世界科学院院士2人，研究员281人，副研究员395人。
10.中国科学院西安分院
西安分院是中国科学院机关在西安的派出机构，负责联络和协调中国科学院在西安地区的西安光学精密机械研究所、中科院国家授时中心、地球环境研究所及共建单位水土保持与生态环境研究中心和秦岭国家植物园。
西安分院成立于1954年7月，其前身是中国科学院西北分院。1978年11月，国务院批准成立中科院西安分院，与陕西省科学院合署办公。
西安分院系统现有在职职工1391人，其中科技人员847人，中国科学院院士4人，中国工程院院士1人，国家级有突出贡献专家4人，省部级有突出贡献专家5人，高级研究人员279人，现有在站博士后19人，在读博士研究生137人，硕士研究生140人。
11.中国科学院兰州分院
兰州分院成立于1954年，是中国科学院在全国共12个分院之一，作为中科院机关的派出机构，负责联系在甘肃和青海的院属科研单位。包括：近代物理研究所、兰州化学物理研究所和西北生态环境资源研究院（2016年6月整合了寒区旱区环境与工程研究所、兰州油气资源研究中心、兰州文献情报中心以及西北高原生物研究所、青海盐湖研究所组建而成）。
现有：国家实验室1个 ，国家重点实验室 4个，国家工程中心1个，国家质量监督检验中心 1个，中科院重点实验室10个，甘肃省重点实验室 4个，青海省重点实验室 7个，青海省工程中心3个，野外工作台站 22个（其中国家级6个）。
目前拥有两院院士9位。其中：中科院院士7位；工程院院士2位。通过人才计划等多种形式大力吸引了众多优秀人才。作为中科院京外五大教育基地之一，拥有博士点29个、硕士点37个、博士后流动站10个。
12.中国科学院新疆分院
新疆分院成立于1957年7月30日，作为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一一所分院，创立之初即定位为主要为新疆的经济、社会、科技发展服务。
新疆分院系统包括4个独立法人单位，即新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。现有国家级重点实验室2个（含培育），中科院重点实验室4个，自治区重点实验室8个，国家工程研究中心1个，国家工程技术研究中心1个，自治区工程技术研究中心6个，国家级野外台站3个，中科院级野外台站7个，国家级科普教育基地2个,海外研究基地4个、野外站12个。
新疆分院现有博士后流动（工作）站6个，博士学位授予点15个，硕士学位授予点23个；在学研究生734人（其中硕士生411、博士生323人）、留学生37人、在站博士后70人；拥有一级学科7个，二级学科24个。
