不同：
1，卖家不同：京东自营旗舰店相当于超市，工厂卖给京东自营旗舰店，京东自营旗舰店卖给买家；官方旗舰店只在京东搭建平台出售自己的商品；官方授权商店是制造商授权给私人或企业的商店，也有过境关系。
2，流量不同：京东商城将保证自己门店的流量和活动最大化，从销量中获利，这将导致消费者对其他门店的关注度降低。
3，物流不同：京东商城通常会选择最近的仓库下订单发货，通常会在第二天收到货物。但官方授权店或官方旗舰店的配送点相对固定，物流速度会相对较慢。
扩展：京东自营店铺就是在京东自己的店铺。网上的销售和售后是由京东官方负责的。用户在买东西的时候，可以在搜索条件中筛选京东配送，或者自营的商品。
相对于其他店铺而言，京东官方的服务会更加完善，为顾客提供了更好的售后保障，赢得了更多用户的信赖。京东自营店铺商品质量，物流和售后等都有一定的保障。
旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店，一般是某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店。一般来说京东自营旗舰店和官方旗舰店两个渠道所销售的产品均是正品，如果是同一品牌同一型号的产品，是没有区别的。都是品牌自己的授权和供货。
