除动、植物的硬体部分如骨骼、牙齿、介壳、树干等最易保存为化石外，在特殊的情况下，有时生物的软体部分也可保存为化石。
如山东山旺组硅藻土中的花朵、触须，西伯利亚冻土中猛犸象的肌肉等。
这些，统称遗体化石，即生物体本身的某部分石化为化石。
有时，动物的粪便、蛋也可形成化石，这叫遗物化石；而足印、洞穴等化石，则叫遗迹化石。 大致分类地层中的化石，从其保存特点看，可大致分为四类： 实体化石、 模铸化石、 遗迹化石和 化学化石。
实体化石指古生物遗体本身几乎全部或部分保存下来的化石。
植物化石原来的生物在特别适 宜的情况下，避开了空气的氧化和细菌的腐蚀，其硬体和软体可以比较完整的保存而无显著的变化。
例如 猛犸象（ 第四纪冰期西伯利亚 冻土层中于1901年发现，25000年以前，不仅骨骼完整，连皮、毛、血肉，甚至胃中食物都保存完整）。
模铸化石就是生物遗体在 地层或围岩中留下的印模或复铸物。
一类是印痕，即生物遗体陷落在底层所留下的 印迹，遗体往往遭受破坏，但这种印迹却反映该生物体的主要特征。
不具硬壳的生物，在特定的 地质条件下，也可保存其软体印痕，最常见的就是植物叶子的印痕。
第二类是印模化石，包括 外模和 内模两种，外模是遗体坚硬部分（如贝壳）的外表印在围岩上的痕迹，它能够反映原来生物外表形态及构造；内模指壳体的内面轮廓构造印在围岩上 的痕迹，能够反映生物硬体的内部形态及构造特征。
例如贝壳埋于砂岩中，其内部空腔也被 泥沙充填，当泥沙固结成岩而地下水把壳溶解之后，在围岩与壳外表的接触面上留下贝壳的 外模，在围岩与壳的内表面的接触面上留下 内模。
第三类叫做核，上面提到的贝壳内的泥沙充填物称为内核，它的表面就是 内模，内核的形状大小和壳内空间的性状大小相等，是反映壳内面构造的实体。
如果壳内没有泥沙填充，当贝壳溶解后久留下一个与壳同形等大的空间，此空间如再经充填，就形成与原壳 外形一致、大小相等而成分均一的实体，即称 外核。
外核表面的形状和原壳表面一样，是由 外模反印出来的，他的内部则是实心的，并不反映壳的内部特点。
第四类是 铸型，当贝壳埋在 沉积物中，已经形成 外模及内核后，壳质全被溶解，而又被另一种矿质填入，象工艺铸成的一样，使填入物保存贝壳的原形及大小，这样就形成了 铸型。
它的表面与原来贝壳的 外饰一样，它们内部还包有一个内核，但壳本身的细微构造没有保存。 遗迹化石指保留在岩层中的古生 物生活活动的痕迹和遗物。
遗迹化石中最重要的是 足迹，此外还有 节肢动物的爬痕，掘穴，钻孔以及生活在滨海地带的 舌形贝所构成的 潜穴，均可形成遗迹化石。
遗物化石方面，往往指动物的排泄物或卵（蛋化石）；各种动物的粪团， 粪粒均可形成 粪化石。中国白垩纪地层中 恐龙蛋世界闻名，过去在 山东 莱阳地区以及近年来在广东 南雄均发现成窝垒叠起来的 恐龙蛋化石。 化学化石古代生物的遗体有的虽被破坏，未保存下来，但组成生物的有机成分经分解后形成的各种 有机物如 氨基酸、脂肪酸等仍可保留在岩层中，这种视之无形，但它具有一定的化学分子结构足以证明过去生物的存在的化石称为化学化石。
随着近代化学研究的进展，科学技术的提高，古代生物的 有机分子（指氨基酸等），可从 岩层中分离出来，进行鉴定研究，同时产生了一门新的学科— 古生物化学。
