根和茎的本质区别有三点：
第一，凡是茎，都有节，不管是地上茎、地下茎、匍匐茎或鳞茎……，在它们上面都可以找到节。但有些节很明显，有些节并不那么清楚。而在根上没有节。有时在根上也看到似乎像节一样的形态，例如萝卜的根上，也会有像马铃薯块茎上的凹穴，其实这两者是有本质区别的，前者是萝卜肉质直根上侧根脱落后的痕迹，而后者却是长鳞片状叶的节。
第二，凡是茎，都长叶。不管是什么茎，在其节上都会长出叶，即使在变态茎上也不例外，只不过它们的叶有时很不明显，或者长得很细小，不注意时几乎看不清，这些叶在形态上和正常的叶差别很大，有时呈膜质，有时呈鳞片状或者呈鞘状，这都是在特殊环境中，由正常叶转化而来的。在茎的叶腋处有芽，这些芽有些是长成枝条的，因此枝条也总是长在芽上，“节外生枝”的情况是极少见的，偶而在栀子花的茎上可以看到。但在根上决不会长叶，它即不会长正常的叶，也不可能长出特化的叶。在成千上万种植物中，没有一种植物的根上会长出一片叶的。
第三个特点是茎上能开花。所有开花的植物，花都是从茎上长出来的。即使变态的茎，也有开花的特性，如荷花就是从要有茎上长出来的，也就是从藕的侧芽上发育而成的，有少数几种植物，花朵会从叶片上开放，如百部，这是由于花梗同叶柄结合起来的缘故，使看上去花朵像着生在叶片上。而在根上是不可能长出一个花蕾，而开出一朵鲜花的。在某些植物的根上有时会长出一些芽，如构树的根上会长芽，发展成为一棵新的植株。但这种芽生长的位置从来不固定，谁也说不准它会从什么地方冒出来。它不同于茎上的侧芽、顶芽有固定的部位。因此根上的这种芽，属于不定芽。
