万历年间的敦煌是谁管辖

吐鲁番王国管辖。

随着土鲁番王国的强大，七卫无法抵抗，据《明史-西域二-曲先卫》记载：“土鲁番复据哈密，逼处关外诸卫”。“时土鲁番日强，数侵邻境，诸部皆不能支”。关外的卫所开始东迁，进入关内和祁连山腹地。

明朝本来对西域的重视就不够，因此，当1516年，割据天山山脉东部的土鲁番王国吞并了敦煌后，1524年，明朝干脆选择关闭了嘉峪关，放弃瓜、沙二州。