江苏省启东市有汇龙镇、北新镇、惠萍镇、寅阳镇、东海镇、近海镇、南阳镇、海复镇、合作镇、王鲍镇、吕四港镇、启隆镇这12个镇。
1、汇龙镇，江苏省南通市启东市辖镇，是启东市委、市政府所在地，全市政治、经济、文化、教育、医疗、艺术中心。镇区面积32平方公里，总人口近19万人。下辖27个行政村，2个街道办事处，25个居委会。
2、北新镇，是江苏省南通市启东市辖镇，位于江苏省启东市西南，地理位置优越，地势平坦，交通便利，经济发达，历来有“金北新”之称，获得南通市绿化十佳乡镇称号。辖28个行政村和3个居委会。
3、惠萍镇，江苏省南通市启东市辖镇，位于江苏省启东市，地处长江三角洲，中国东部黄金海岸的中部长江入海口北部，是东海、黄海、长江三水交汇之处。辖27个行政村。
4、寅阳镇，是江苏省南通市启东市辖镇，位于南通的最东南角，是江苏也是南通唯一一个濒江临海的乡镇，是江苏最早见到日出的地方，总面积101.88平方公里，户籍人口8.1万，外来人口超过2万。下辖24个行政村，2个居委会。
5、东海镇，是江苏省南通市启东市辖镇。1957年建东海乡，1958年改公社，1983年复置乡。位于市境东南部，东临黄海，距市府17.7公里。面积42平方公里，人口3.5万。
江七公路穿越境内与兴向公路相交，西濒五效河，中央河横贯南部。辖东海镇、天和、共乐、新造镇、戴祥、德字、成字、东余镇、福字、吕垦、兴垦、兴旺12个村委会。
6、近海镇总面积49平方公里，位于江苏省启东市东部沿海，地处黄海之滨，长江入海口北侧，紧邻启东市经济开发区之滨海工业园及启东市近海机电工业园，有一万亩的海水养殖滩涂资源近海镇属渔港——塘芦港，位于国家级渔港吕四港中段，是南通主干河道通启运河的入海处。
7、南阳镇，总面积126.8平方公里，辖29个行政村与1个居民委员会，总人口11万人。
8、海复镇位于江苏省启东市北部，11个村委会，季明村、东岗村、均里村、复南村、糖坊村、清虎村、搬场村、垦牧村、复西村、北固村、竹亭村，和海复1个居委会。
9、合作镇，江苏省南通市启东市辖镇，位于启东市中心位置，南至汇龙镇，北至吕四镇，西至王鲍镇，东至南阳镇。宁启高速横穿东西，连接南京、南通两大城市，经过长江通沙、通常、海太汽渡、苏通大桥以及江阴大桥可到上海、苏南。
10、王鲍镇位于江苏省南通市启东市西部，由原聚南、王鲍、新港、久隆合并而成，因纪念革命烈士王澄、鲍志椿而命名。
镇政府驻地久隆集镇，改革开放以来，在上级党和政府的关心支持下，在王鲍镇人民群众的努力奋斗下，一直被称作老区的王鲍镇的物质文明和精神文明建设都取得了很大成绩，走到了启东改革发展的前列。
11、吕四港镇是江苏省重点镇，是启东市第一大镇，镇隶属于江苏省南通市启东市，地处黄海之滨，北枕全国四大渔场之一的吕四渔场。
吕四港是全国六大中心渔港之一，属国家一类开放口岸。乡镇行政区划调整，把原吕四、天汾、兆民镇及志良镇的4个村合并。新吕四港镇行政区域面积152.8平方公里，渔歌号子入列江苏省非物质文化遗产名录。
12、启隆镇（原为启东市农业良种繁育场），是江苏省启东市下辖的一个镇级行政单位，位江苏省于启东市西南侧，地处长江北支入海口，南与崇明岛接壤，北和启东市隔江相望。2015年10月，启隆乡撤乡建镇，建立新的启隆镇。
