公元前450年至公元前440年，古希腊历史学家希罗多德游历了古埃及，对木乃伊的制作方法和传统进行了认真考察，并记录下了宝贵的历史资料。
法老去世后，他的尸体被送到专门净化尸体的地方——衣部，在这里用苏打水清洗过之后，被交到祭司的手上进行尸体处理工作。祭司们先将松脂涂在法老的面部，防止面部的腐烂变形，然后用一根管子从鼻孔穿到颅腔中，不停的搅拌把脑浆破坏掉，然后再用细长的管子抽取出来，古埃人认为脑浆是没有用的东西，因此并不保存，他们把香料和药物填充到被抽空的颅腔中，一方面保持脑袋的形状，一方面防止内部腐烂。
接下来是处理内脏的程序，内脏器官是人体最容易腐烂的地方，因此祭司们要将肝、肠、胃、肺等全部摘除。他们用一把清洗过的刀子切开尸体的腹腔，小心翼翼的将肝、胃等器官切下来，放入食盐中将水分吸干，再涂上松脂和食油，然后分别装入罐子中，这样的罐子叫做“篷罐”，里面放有香料和药物，可以进一步防止器官腐烂，这些罐子被放在陵墓中与尸体不远的地方，但到中王国时期，这里处理过的器官不再装入篷罐，而是用亚麻布抱裹起来重新放入木乃伊的胸腔，据说这样有利于法老的复活。
在处理内脏器官的过程中，最大的忌讳是弄坏心脏，因为古埃及人认为心脏是人的“智慧之源”，一旦切除或者弄坏，法老们将不能重新复活，所以心脏一直被保留在胸腔中。祭司们用碱粉和食盐吸干心脏的水分后，再用棕油清洗一遍，然后把一个甲虫形状的护身符放在心脏位置，作用是保护心脏不受损害，整个过程务必要保持心脏的完好无损，《亡灵书》就曾记载，在处理法老内脏的时候有三班卫士轮流监视，如果祭司不小心弄坏了法老的心脏，他将被处以死刑。
内脏器官处理完毕后，祭司们用棕油将尸体的胸腔和腹腔清洗一遍，然后放入成包的苏打、泡碱粉、沥清等填充物，把尸体放到铺满泡碱粉和食盐的床上，对整个躯体进行脱水处理，40天后，尸体被取下来，把胸腔里的脱水物质取出，再次放入桂皮、松香等防腐剂，以保持腹部不变形，然后用细小的针将胸腔缝合，并贴上一块画有何露斯眼睛的皮，古埃及人认为何露斯的眼睛代表复活的力量，对法老的尸体具有神秘的保护作用。
至此，木乃伊的制作大体完成，法老的尸体被送到化妆师那里进行化妆整形，化妆师用牛奶、葡萄酒、香料、蜂蜡、松脂和柏油等物质做成颜料，按照法老的面目轮廓，画出清晰的线条，防止由于木乃伊处理导致的面貌模糊，化妆师还给木乃伊戴上假发，穿上漂亮的衣服，佩上珍贵的首饰。由于法老死后眼窝深陷，化妆师和祭司们往往给他们填充上石头或亚麻，至拉美西斯三世时期，人们开始制作人造眼球，通过烧烤制作出栩栩如生的瓷眼球，放入法老的眼窝，这样法老的面目就显得非常生动和形象。
最后，工匠们在尸体上涂上一层松脂，把法老的双手交叉在前胸，然后开始用亚麻布包裹。包裹过程被认为是与人间告别的开始，因此整个过程庄严而神秘，工匠们把用棕榈油浸泡过的麻布一条一条的沿着干尸的四肢和躯干小心翼翼的包扎，不能留出一丝空隙，在包裹到面部和心脏部位时，旁边的祭司会进行祈祷和念咒语，工匠们有时还要把一块护身符放在亚麻布之间，护身符一般做成圣甲虫形状，或者刻有何露斯的眼睛等形状，当尸体包裹完毕后，木乃制作便告完成，整个过程一般要花费七十余天的时间。
事实上，在不同的时期，木乃伊的制作方法和水平也有很大的不同，在古王国的早期，法老的内脏并没有被切除，因此极易腐烂，到第四王朝时期才开始了内脏处理程序；在中王国时期，人们更加注重对法老的化妆，他们要用黑颜料描绘出法老的眉毛、胡子以及五官轮廓等；在新王国时期则是要把脑髓全部去掉，有的木乃伊还要把脚趾甲全部去掉，然后用麻布把脚趾包起来。另外，在木乃伊制作过程中，从法老身上切下的碎片并不是随意扔掉，而是把它们收集起来包裹好，随着木乃伊一起下葬，因为这些东西属于法老的一部分。
在古埃及，人们普遍相信人能够在死后复活，因此并非只有法老才制作木乃伊，普通埃及人死后也要制作木乃伊，不过他们的制作过程要简陋的多，他们往往在胸腔内填入杂草、木屑或芦苇等作为干燥剂，然后放在沙漠地带进行脱水处理，这样制成的木乃伊效果较差，因此很少能够长时间保存。
