游戏的故事发生于日本以东、福尔摩沙龙三角中的一座小岛——邪马台。那座岛屿以及曾经存在于岛上的王国充满着神秘的传说,许多飞机和船只都曾在附近遭遇狂风暴雨而失事,残骸布满着它的海岸,因而闻名。邪马台国曾经由一位名为卑弥呼的女王所统治,传说中她能够以巫术操控天气,法力强大的她因而被冠上了“太阳女王”的尊称。
卑弥呼女王死后不久,统治力量为之动摇,国势渐衰,而自后邪马台的历史也就鲜为人知。玩家在岛屿上探索时,能够发现不少文献记载着历史上不同的时代各有葡萄牙商人、美国海军陆战队 、古代中国使节以及一项日本的军事计划等都曾经来到这座岛上。
主角劳拉和她的伙伴们来到岛上时,整座岛屿由一个称为“索拉瑞兄弟会”的邪教暴力组织所独占,成员包括了罪犯、佣兵和来自各地的船难生还者。兄弟会在岛上建立了自己的社会,有严明的组织和纪律,并崇拜太阳女王卑弥呼。玩家则随着游戏的故事抽丝剥茧,渐渐发现组织背后真正的目的和意图。