1755年，清朝政府平定达瓦齐集团后，释放了大小和卓并委以重任，命大和卓波罗尼都回南疆统治旧部，小和卓霍集占留在伊犁管理南疆来的移民。大和卓波罗尼都对此安排非常满意，顺利掌管了本由黑山派和卓控制的乌什、喀什、叶尔羌等地，在那里恢复白山派的统治。小和卓霍集占接受清朝政府的安排后，却在伊犁参加了阿睦尔撒纳叛乱，失败后逃往南疆，策动哥哥大和卓波罗尼都一起叛乱。波罗尼都为人优柔寡断，所以霍集占的主张占了上风。1757年霍集占打出“巴尔图汗”的旗号，杀戮清军将领阿敏道和所属100多名官兵大举反叛。大小和卓恢复白山派统治的行动，引起了当地世俗封建主黑山派和卓的嫉恨，他们在清军的平叛过程中占到清军方面，也就决定了大小和卓必然失败的历史命运。
1758年夏，清军将军雅尔哈善率一万多人从吐鲁番出发，经过库车、阿克苏、拜城、乌什等地，直逼大小和卓的据守之地。小和卓霍集占退守叶尔羌（今莎车），与喀什的大和卓波罗尼都互成犄角之势以抗清军。同年10月，大将军兆惠领兵3000直抵叶尔羌城下，由于孤军深入，被小和卓的15000多人围困3个多月，直到援军到来才突围而出。1759年，清军兵分两路，一路由兆惠率领，从乌什攻喀什；另一路由富德率领，由和田直取叶尔羌。大小和卓自知不敌，逃往巴达克山（今阿富汗境内）。清军穷追不舍，在边境一带大获全胜，大小和卓的亲兵和被裹胁的群众向清军投降，两人只带百余人逃到巴达克山，被当地首领素尔坦沙擒获处死。至此，大小和卓叛乱被平定，南疆恢复了往日的宁静。
