1、分布不同：
（1）云杉产于陕西西南部（凤县）、甘肃东部（两当）及白龙江流域等地，稍耐荫。
（2）水杉分布于湖北、重庆、湖南三省交界的利川、石柱、龙山三县的局部地区，垂直分布一般为海拔750~1500米。
2、形态特征不同：
（1）云杉子叶6-7枚，条状锥形，长1.4-2厘米，初生叶四棱状条形，长0.5-1.2厘米，先端尖，四面有气孔线，全缘或隆起的中脉上部有齿毛。
（2）水杉叶条形，长0.8-3.5（常1.3-2）厘米，宽1-2.5（常1.5-2）毫米，上面淡绿色，下面色较淡，沿中脉有两条较边带稍宽的淡黄色气孔带，每带有4-8条气孔线，叶在侧生小枝上列成二列，羽状。
3、生长环境不同：
（1）云杉耐阴、耐寒、喜欢凉爽湿润的气候和肥沃深厚、排水良好的微酸性沙质土壤，生长缓慢，属浅根性树种。海拔2400-3600米地带，常与紫果云杉、岷江冷杉、紫果冷杉混生，或成纯林。
（2）水杉多生于山谷或山麓附近地势平缓、土层深厚、湿润或稍有积水的地方，耐寒性强，耐水湿能力强，在轻盐碱地可以生长为喜光性树种，根系发达，生长的快慢常受土壤水分的支配，在长期积水排水不良的地方生长缓慢，树干基部通常膨大和有纵棱。
4、用途不同：
（1）云杉树干高大通直，节少，材质略轻柔，纹理直、均匀，结构细致，易加工，具有良好的共鸣性能。可供建筑、飞机、乐器（钢琴、提琴）、舟车、家具、器具、箱盒、刨制胶合板与薄木以及木纤维工业原料等用材。
（2）水杉材质轻软，可供建筑、板料、造纸等用；树姿优美，为庭园观赏树。
