电影《使徒行者2》讲述的是一对童年时的兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的黑警组织渐渐浮出水面。程滔、井进贤两兄弟殊途重聚，无论彼此身份如何，割舍不掉的永远是兄弟情义。
1987年，在菲律宾山区里有座私人资助建立的孤儿院。孩子们的生活无忧无虑，与其他福利院不同，孤儿院定期会举行魔方比赛，获胜者可以得到糖果奖励。时间到了2019年，在香港闹市区，一辆轿车不顾街道上川流不息的人群，加大油门撞向行人。警察赶到现场，喝令司机下车，肇事司机却用利刃割颈自杀，血溅当场。
次日清早，井进贤先送女儿晴晴上学。回到警局就接到通知，一小时后动身去缅甸参与行动。目标是将姚可仪的硬盘拿回香港，为免有内鬼，行动只有少数人参加。除了井进贤，还有程滔，叶志帆则坐镇情报科，提供远程调度支援。登上警方安排的飞机，程滔还是老习惯，单手把玩着九阶魔方，锻炼手脑协调性。没想到，行动中有警员误触发机关，引发爆炸，香港情报科随即失去了现场通讯信号。
井进贤被泰瑟枪击晕，醒来发现自己在一间小黑屋里，程滔就坐在面前。照片上显示，袭击警方车队的枪手有意避开井进贤，只杀护送警员。至于原因，不言而喻。一个是内鬼，一个是黑警，二人互不相让。井进贤难掩被欺骗的愤怒，飞扑向程滔。
