就是和本来是一个意思吗

不是同一意思。

“就是”表示假设让步，比如:就是在日常生活当中，也需要有一定的科学知识。另外，用在句末表示肯定，比如:我一定办到办到，你放心就是了。“就是”和比喻句中暗喻的“是”是不一样的，暗喻中的“是”是比喻词，而“就是”的用法就灵活多了。