1、源于少昊，殷封尹城。据唐代张九龄所撰谱牒《姓源韵谱》记载：“少昊之子殷，为工正，封尹城，后因氏焉”。少昊是远古时期羲和部落的后裔、古代东夷族首领，少昊之子殷执掌工正，被封于尹城，后代子孙因此为氏。
2、源于西周作册尹佚，官尹始祖。尹佚，也称史佚，《清华简》记为“作册逸”，他曾经受命观察天文、制订历法并且记录周王的言行和天下大事。尹佚之后，“作册尹”成为西周沿袭商朝所设的官僚机构，属于王宫内廷史官，负责为周天子起草文书，主持策命诸侯及卿大夫，兼任神职。在西周后期，作册尹通常称为“内史”，内史归属于太史寮，尹氏是太史寮的长官。西周灭亡后，跟随周平王东迁的尹氏获得了封邑，称“尹邑”，属周王朝的畿内国。公元前516年，尹国兵败灭亡，国人遂以“尹”为姓氏。
3、出自兮甲，以官为氏。据《风俗通义》所载：兮甲，字伯吉甫，伯为长子，是周宣王的中兴大臣，周宣王在位期间，西北少数民族猃狁入侵，兮甲受命北伐，打败猃狁并反攻至太原，后来他又奉王命向淮夷征收赋税，由于兮甲的赫赫战功，文武兼备，周宣王封他为“师尹”，故世人称兮伯吉甫为“尹吉甫”。相传尹吉甫晚年被流放至房陵，死后葬于房县青峰山，其后代以尹为氏。
4、出自少数民族汉化改姓。据《清朝通志·氏族略》记载，蒙古族博尔济吉特氏、叶古禄特氏、音斋氏有的汉化尹姓；满族锡伯族章佳氏有汉化为尹氏者；白族、苗族、壮族、朝鲜族等均有尹姓分布。
