实际上并不是北京和上海之间的所有高速动车组列车都会停靠南京南站，就有一趟车次例外，这趟车次就是北京南站开往上海站的G21次，这趟车次中途只停靠济南西站和无锡东站，当然这趟车次属于晚班车。当然除此之外其余车次全部会停靠南京南站。
京沪高速铁路上几乎所有车次都会停靠南京南站的原因，我认为有以下两点：
第一，南京南站的枢纽地位决定，途经南京南站的车次没有理由跨越不停靠。众所周知，南京南站是亚洲的第一大高铁站，也是华东地区最大以及全国重要的交通枢纽，南京南站的客流自然就非常大，过往车次不可能舍弃停靠这样的客流枢纽大站；
第二，南京南站的站台敷设形式让大部分车次几乎都得停靠，由于南京南站并没有单独设置京沪高铁的正线，也就是京沪高铁的高速动车组列车无法高速跨越南京南站，也就是说即使通过不停靠也得提前减速缓慢通过，而且减速通过的前提是南京南站要有站台处于暂时空闲的状态，能够满足通过的时间要求，这也就是为何白天没有车次跨越南京南站，仅有晚上那趟车次跨越。
目前北京开往上海每天有将近50趟车次，有的车次中途停靠的站点比较多，时间就比较长，有的车次中途只停靠济南西站和南京南站，甚至有的车次只停靠南京南站一站，这种车次被大家成为“标杆车”，标杆车的用时最短仅需4小时18分钟。
