真正动摇傅恒地位的，是他经营缅甸事务的失机。清初，中国和缅甸之间，在相当长一段时间内没有建立起正式的官方联系，但两国地域毗邻，民间来往很是频繁。乾隆十八年，通过与缅甸关系较密切的云南茂隆厂主吴尚贤的介绍，两国开始有了交往，清政府允许缅甸使节来华，这是两国之间正式接触的开始。但这良好的开端却由于不久发生的缅甸内乱而中止。从乾隆二十年起，缅甸军队不断侵扰清朝耿马、孟连等土司。乾隆三十年，缅军甚至进犯云南九龙江橄榄坝，入据车里城。云贵总督刘藻遣兵征讨，因指挥失宜，反为其败。
乾隆三十一年（1766）正月，清政府又派大学士杨应琚自陕甘移督云南。杨应琚到任后，指挥军队击退了缅军的进犯，收复了失地。但杨应琚却因此而傲慢轻敌，贪功启衅，他自普洱移驻永昌后，致书缅甸国王，声言将率大军数十万征讨，要缅甸投降。于是缅甸起兵迎战，双方战事再起。清军数战不利，缅甸军队乘机进扰云南。乾隆帝闻讯大怒，诏逮杨应琚至京，赐死。乾隆三十二年，派将军明瑞分兵五路征缅。战争之始，清军连战皆捷，进展很快，已逼近缅甸国都阿瓦（今缅甸曼德勒），但毕竟是孤军深入，粮草不继，终于在第二年二月兵败退回，明瑞也自尽身亡。
清军惨败的消息使乾隆帝甚为震惊，他见军情紧急，“必须重臣前往督率调度”，于是授傅恒为经略，阿里衮和阿桂为副将军，舒赫德为参赞大臣，经办征伐缅甸事务。乾隆三十四年二月，傅恒率满、蒙兵一万三千六百余名出征。临行时，乾隆帝亲自在太和殿授之敕印，并把自己用的甲胄赠给傅恒，以表示对他的信任和希望。
这一年三月，傅恒抵达云南，四月到永昌、腾越察看情况，着手进行战前准备。他得知缅军防守“专恃木栅”，而“清军向来用寻常枪炮攻取，无济于事”，就“访闻茂隆厂一带有善造大炮之人，将来进兵时兵弁各带铜、铁一斤，遇攻栅时随时暗铸大炮，出其不意”。他还聚集众将，商讨进兵方略。鉴于过去明瑞将军专由陆路进兵，缅方得以集中兵力防御，而遭败绩的教训，傅恒决策水陆三道并进。因缅甸都城阿瓦在大金沙江以西，若由东路锡箔江进，则阿瓦仍隔江外，于是定议一路由戛鸠江（亦名兰鸠江，或槟榔江）出河西，取道孟拱（今缅甸密支那之西）、孟养（今缅甸密支那），直捣阿瓦，此为正师；一路由伊洛瓦底江东岸，经孟密（今缅甸杰氻）夹江南下，这是偏师；另一路则由伊洛瓦底江水路，顺流而下，先造船于蛮莫（今缅甸八莫），以沟通前两路军的联系，壮大声势，并兼及供应两军所需。但是要实现水陆并进的方针，首先要解决船的问题。早在傅恒未到云南之前，乾隆帝就曾有造船的打算，并派副将军阿里衮去经办此事。但阿里衮以“边外峡行湍险，舟楫不通，沿江亦无办公所奏止”。随后，傅显与佐三泰又奉命前往察勘实情，“所言与阿里衮等同”。这样，造船之事只好暂且搁下了。傅恒抵滇后，详细地察询当地居民，获知蛮莫附近的翁古山树木较多，而位于此山旁边的野牛坝，气候凉爽无瘴气之害，是建造船只的好处所，于是傅恒就派遣傅显督工运料，并令湖广来的工匠造船。不久，一批船造成了。乾隆帝闻报很是高兴，特颁旨嘉奖，作诗《造舟行》以壮此举。
在兴造船只的同时，傅恒对征缅的其他准备事务也在加紧进行。清政府增调的军队陆续抵达云南，马匹和粮草也大体齐备。乾隆三十四年七月，满、汉精锐之师数万余众，马骡六万余匹，以及各种火器，如京师的神机火器、河南的火箭和四川的九节铜炮等“皆刻期云集”。然而当时距霜降尚早，部下诸将以“南徼地多瘴，群议宜俟霜降后出师”。傅恒虽然也有些犹豫不定，但他害怕时间拖长了，不仅耗费很多物质，而且士兵也会产生松懈情绪，事情就更不好办了，所以他就不顾部下的劝阻，毅然下令进兵，打算乘敌准备不足之机进攻，收出其不意之效。同年七月二十日，傅恒祭旗进发。时副将军阿里衮已患病，傅恒要他留下养病，阿里衮坚请从征，傅恒同意了，只留阿桂于蛮莫督造战船。傅恒领军至戛鸠江后，征集船只，打造木筏，用十天的时间，全军渡过了戛鸠江。然后挥军西进，一路之上，孟拱、孟养两土司先后归降，并“各献驯象四，牛百头，粮数百石”。此时缅甸正值秋收季节，一时未集军迎战，同时孟拱、孟养离缅甸中心地区又较远，因而傅恒军几乎是兵不血刃已前进了两千里。但是这期间，天气十分恶劣，“惟途间忽雨忽晴，山高泥滑，一马倒，则所负粮帐尽失，军士或枵腹露宿于上淋下湿之中，以致多疾病”。加之，清军人地生疏，经常迷失方向，实在是难以深入了。面临如此险恶的困境，傅恒只得改变原先攻占木疏（即今缅甸甘布鲁），由陆路直取阿瓦的计划，于同年十月回师至蛮莫，与东路阿桂军会合。傅恒因率军“奔走数千里，疲乏军力，而初无遇一贼，经略之声名遂损，因羞恚得病”。虽然如此，傅恒还是带病指挥，试图扭转这不利的局面。他见水战所需战船已大都造就，并且福建和广东水师也已到达蛮莫，就把军队重新布署，以阿里衮为西路，阿桂沿江东南下为东路，而自己则督舟师居中，沿伊洛瓦底江南进为中军。此时，缅甸亦集水陆军前来迎战，双方经过一番激烈交锋，缅军败退，清军三路告捷。不过，清军虽一时得手，但阿里衮随之病亡，许多官兵不是负伤就是患病，已无力再向阿瓦进攻。于是集全力图谋夺取阿瓦城北五百里的老官屯，以迫使缅甸乞降。老官屯前临大江，缅军在江东西岸周围二三里的地带树立了许多高大的木栅，栅外掘三重濠沟，沟外又横放大木头，使尖利的树枝朝外成鹿砦，使人无法通过。这是缅军的惯用之法。傅恒先命部下修筑土台，将大炮置放台上，向敌军阵地轰击。炮弹虽然将木栅击穿，但它却不塌落，而破损处又随即被缅军修补好。傅恒见此法不能奏效，就又“属生革为长絙钩之”，但力急绳断不能倒其栅。随后他又派士兵“伐箐中数百丈老藤，夜往钩其栅”，使数千人曳之，但藤却被缅军用斧砍断，此法又失败了。虽然屡次失败，傅恒仍不甘心，就又施用火攻，“先为杆牌御枪炮，众挟膏薪随之，百牌齐进，逾濠抵栅，而江自四更雾起，迄平旦始息，栅木沾润不能爇，兼值反风，遂却”。最后，傅恒又派士兵挖地道，埋火药轰之，然而火药引爆后，虽然“栅突高起丈余，贼号骇震天”，但随之落平，“又起又落者三，不复动，盖栅坡迤下，而地道平进，故土厚不能迸
此时，傅恒若以小部兵力继续围困老官屯，而以大部兵力从江西岸直攻阿瓦，还有扭转不利战局的可能，但他却坚执统军非取老官屯不可，于是清军陷于进退两难的困境之中。特别是日趋加重的瘴气，使清军大量减员，傅恒在给乾隆帝上的奏报中说：“奈因本年瘴疠过甚，交冬未减。原派各营兵三万名，满兵一千名，见计仅存一万三千余名。”乾隆帝接到奏报后，知清军已陷困境，遂下令暂行撤兵，并命傅恒返京师，“老官屯既不可久驻，野牛坝地方尚高，酌量于该处留兵屯守，并著土司等于关外相度地势驻扎防范。令其以暂时退驻，明年再行进兵之言，宣示于众..著传谕傅恒将善后事宜交阿桂筹办，即速驰驿来京”。
与此同时，缅军在清军的攻势下，也日感震惧，加之阿桂的战船又截断了东西岸缅军之间的联系，他们也不愿再打下去了，于是就主动派人向清营递送文书，请求双方选择一适中地点，商谈休战罢兵之事。傅恒集众将商量对策，阿桂和其他将领皆“以兵多染瘴，日有死亡，争劝受降撤兵”。傅恒虽不愿以议和结局，但也没有别的好办法，只好听从诸将的意见。经过一番讨价还价的谈判，双方终于达成休战撤兵协议。同年十二月，傅恒上奏，说缅甸方面答应清方提出的十年一贡的条件，请求乾隆帝批准协议。乾隆帝本来就已下令暂行撤兵，现在缅方又答应向清朝进贡，当然很快就予以批准。这样持续数年的战争宣告结束。
乾隆三十五年三月，傅恒还至京师，乾隆帝命他与其子福隆安同为总管内务府大臣。然而不久，傅恒的处境就很不妙。主要是缅甸一直未履行进贡的许诺，乾隆帝认为这很失体面，很是恼怒。只是因傅恒的病日见沉重，不忍心处罚他。傅恒本人更是羞愧难忍，数月之后即病死，终年还不足五十岁。乾隆帝亲自到其府宅祭奠，下令以宗室镇国公例丧葬，谥号“文忠”。这以后，乾隆帝东巡途经傅恒墓时，又进行了祭奠。嘉庆元年（1796），傅恒之子福康安去世，推恩赠傅恒郡王衔。
傅恒作为乾隆帝的宠臣，直军机处二十三年，“日侍左右”，他对乾隆前期朝政影响之大是显而易见的。首先他提拔重用了不少有文韬武略的干练之才，“惟以尊奉前辈，引擢后进为要务”。一些颇有作为的文臣武将，如孙嘉淦、岳钟琪、卢焯、毕沅、孙士毅、阿尔泰和阿桂等，都是经他之手，得以施展才能，显露风采的，“故一时英俊之士多集于朝”。其次，他对下属“每多谦冲”，“毫无骄汰之状”。乾隆二十三年吏部尚书汪由敦死后，傅恒极力推荐其子汪承霈，终使其得授兵部主事之职。后汪承霈奉命外任福建邵武知府，傅恒因其母年已八十，无人照看，特为之陈请，使汪承霈得以留京供职。兵部尚书舒赫德因处理阿睦尔撒纳归降一事不合君帝，触怒乾隆帝，被籍没遣戍，傅恒特地拿出自己的银两赎买其宅，等后来舒赫德被赦归
但是，傅恒“颇好奢靡，衣冠器具皆尚华美”，这对当时日渐兴盛的豪华奢侈之风，无异是起了推波助澜的作用。尤其是，傅恒对于贪赃枉法残害民众的官吏，往往不能严之以法。两淮盐政使高恒因贪污，下刑部议罪，定为死刑，“勾到日，上恶其贪暴，秉笔欲下，傅文忠（即傅恒）代为之请曰：‘愿皇上念慧哲皇贵妃之情，姑免其死。’上曰：“若皇后弟兄犯法，当如之何？’傅战栗失色，上即命诛高恒”。因而当时就有一名叫汪松的参军批评傅恒“以宽厚博众誉”，“为台鼎重任，不知身任怨劳以济国事，惟知含垢纳污，以博一时虚誉。吾恐日后，必有徇庇之夫，假公誉以济其私者。玩惕之风，由此日甚，先朝綦严之法，必因之隳坏矣。”礼亲王昭琏甚至把乾隆后期和珅掌政后，官场盛行的苟且偷安之风也和傅恒联系起来。他说：“后和相（指和珅）秉政，果以丛脞为风，以阘冗为能事，风俗因之日偷，实自文忠公（指傅恒）有以启之也”。这话不无道理。
