新属性恶（攻击超能系、幽灵系造成2倍伤害，攻击格斗系、恶系、钢系造成1/2伤害；防御端被格斗系、虫系攻击受到2倍伤害，被幽灵系、恶系攻击受到1/2伤害，被超能系攻击受到0伤害）。
增加新属性钢（攻击岩石系、冰系造成2倍伤害，攻击水系、火系、电系、钢系造成1/2伤害；防御端被格斗系、火系、地面系攻击受到2倍伤害，被一般系、超能系、幽灵系、草系、岩石系、虫系、飞行系、冰系、龙系、钢系攻击受到1/2伤害，被毒系攻击受到0伤害）。
调整部分克制关系，包括：幽灵系攻击超能系造成0伤害→幽灵系攻击超能系造成2倍伤害；冰系攻击火系造成1倍伤害→冰系攻击火系造成1/2伤害；虫系攻击毒系造成2倍伤害→虫系攻击毒系造成1/2伤害；毒系攻击虫系造成2倍伤害→毒系攻击虫系造成1倍伤害。
能力“特殊”被拆分为“特攻”和“特防”。
增加携带道具系统，并出现携带后才能起作用的对战影响道具。第二世代存在的对战影响道具包括焦点镜（击中要害率提升1级）、吃剩的东西（每回合结束时恢复最大HP的1/16）、王者之证（攻击时10%概率造成畏缩）、光粉（被攻击时对手命中率x0.9）、先制之爪（每回合20%概率发动，发动后在优先度相同的前提下必定先手）、气势头带（被击杀时10%概率保留1点HP不死）以及破坏基因（出场后立刻消耗，进入256回合的混乱状态并提升2段物攻，在后续世代中该道具被取消）。
增加果实系统（和树果不是一种东西），作为对战中宝可梦的携带道具出现，达成使用条件后宝可梦会自动使用，第二世代的树果能力包括：HP低于最大HP的1/2时恢复10HP、HP低于最大HP的1/2时恢复30HP、PP值降为0时恢复该招式5点PP、解除麻痹、解除冰冻、解除烧伤、解除中毒、解除混乱、解除所有异常状态。
