1、传代保藏 传代保藏菌种是微生物保存中最常用的方法之一。很多微生物在低温或者干燥处理时，会很快死亡，为了保存菌种的活性，就要定期不断的进行菌种转接、培养后再保存。
2、斜面低温保藏 将待保藏的菌种接种在合适的斜面培养基上，在相应的条件下培养至得到充足的菌体或者孢子，随后密封试管置于4℃左右保存，具体保存温度按照保存菌种设定。保藏时间依微生物的种类从1个月到4个月不等。
3、冷冻干燥保藏 冷冻干燥保藏法为菌种保藏方法中最有效的方法之一，对一般生活力强的微生物及其孢子以及无芽胞菌都适用，这种方法适用于菌种长期保存，一般可保存数年至十余年。我国大多数生物制品菌种都是采用该法保藏。
4、半固体穿刺保藏 配制半固体培养基，高压湿热灭菌后倒于无菌试管中至约1/3，待培养基凝固，用接种环从平面培养基上挑取单菌落，穿入培养基若干次。在合适的条件下进行培养至菌体旺盛生长，之后密封试管，根据菌种特点在4 ℃左右或者凉爽干燥处保存。保存时间至少可以达到1 年，对于有些菌种甚至能达到20 年之久。
5、液氮超低温保藏 液氮超低温保藏法是菌种长期保藏的最有效最可靠的方法。液超低温保藏法是把菌种装在含有冷冻保护剂的安瓶瓶内，将该安瓶瓶放人液氮（-196℃）中保藏。
6、冷冻真空干燥保藏 将处于成熟期的微生物培养物悬浮于无菌的血清、卵白、脱脂奶或者海藻糖等保护剂中制成浓菌液，分装到无菌的安瓿瓶中，于低温冰箱中冷冻，达到预定温度后对浓菌液进行冷冻干燥处理，之后在真空状态下融封安瓿瓶，于20 ℃保藏。
7、蒸馏水保藏 蒸馏水保藏菌种的方法普遍的应用于医学微生物、食品微生物和工业微生物中。将菌体悬浮于蒸馏水中，即可在室温下保存数年，此法应注意避免水分的蒸发。
