1. 适用的信号类型不同：
示波器主要用途用来观察信号的时域特性（也就是电压随时间的变换特性），主要适用于基带信号的分析（正弦波，方波，比特流等未调制信号），
频谱分析仪主要针对射频信号（尤其是带了调制的复杂信号或者多频率信号，这样的信号在时间轴上几乎看不出任何规律）的分析。虽然示波器也可以通过FFT从频率域的角度显示信号，但它的性能指标一般不足以分析射频的，带调制的信号。
2. 测量的带宽不同：
示波器的设计主要用于观察基带信号的，所以一般来说带宽都不是很宽，最常见的是几十到几百MHz。当然，随着数字电路技术的快速发展，基带信号的速率也在快速提升，所以，一些中高档的示波器也能到GHz这个数量级。
频谱分析仪主要用以分析载波及调制了的射频信号，所以频谱分析仪的频率范围通常要宽很多
3. 测量内容不同：
示波器观察的是电压随时间的变换，所以通常看到的是正弦波，方波，比特流等，关注电压，周期，上升，下降沿，过冲，毛刺，以及多路信号间的时序等特征。
频谱分析仪看的是射频信号的功率，频率，失真（谐波和互调产物），调制后的带宽，泄漏到相邻信道的大小，噪声测试，以及复杂调制信号的深入分析（调制度，IQ星座图，调制误差等等）
4. 灵敏度不同：
示波器看的都是基带信号并通过传导方式连接，信号幅度一般都较强，在几伏，十分之几或百分之几伏（功率在毫瓦级）。
频谱分析仪很多时候需要测量发射信号频谱或从空中接受到的射频信号，功率往往比1毫瓦还低数个甚至十几个十次方的，换算过来就是几微伏甚至更低。
5. 动态范围不同：所谓动态范围，是指同时观测大信号和小信号的能力。示波器在观测一个主信号刻度在伏特级的信号的时候，能方便观察的的细微信号或波动在零点几或零点零几伏。也就是说电压的十分之或百分之几的分辨率（功率的百分之或者万分之几）。而频谱分析仪可以同时观测的小信号可以是大信号的功率的百万分之一，千万分之一，一亿分之一。而在射频测量领域，经常需要这样大的动态范围。
