首先是因为内行厂最大的靠山宦官刘瑾倒台了，要知道明朝这种所谓的东厂，西厂以及内行厂都是这些宦官建立起来的，所以一旦这些宦官失势的话，这种所谓的厂肯定不会坚持太久，毕竟他们之前得罪了太多的人，而且也残害了太多的忠良，就导致朝中的很多人恨不得把这些厂除之而后快，所以这么好的机会当然不会放过。
其次就是内行厂跟当时的东厂西厂在本质上面已经起了冲突，就是他们做的事情可以说是同样的事情，基本上差不了多少，也就导致大家都想要把权力往自己的手中揽，所以那些明争暗斗是少不了的，而且在这场争斗的最后，内行厂处在一个劣势的局面，于是在运行了几年之后就慢慢的走向了没落。此外就是内行厂当时的权力太大了，有的时候甚至可以跨过皇帝这一道程序，然后为所欲为的去做一件货些事情。所以一般像这种权力太大的机构，连皇帝都不会让他们存在太久，并对皇帝来说，如果一旦让这种机构存在太长的时间，对于他自己的皇权也是一种削弱。而且当时建立内行厂的初衷就是用它来制衡东厂和西厂的，并且在经历了几年的时间之后，这种制衡也起到了一定的效果，东厂和西厂也因此老实了很多，再加上从当时的局势来看，内行厂已经完全的失去了它的价值，然后被清除也是情理之中的事情。
