锦衣卫中的“卫”是指“皇帝亲军”。
在锦衣卫组织当中,皇帝为直接的管理者。而在组织之内,最高的领导为指挥使,是为三品官阶,佐官有同知、佥事、镇抚以及千户等,部属有将军、力士与校尉,并设经历司和镇抚司,在朱棣成为皇帝时,又新设北镇抚司,其任务是“专理诏狱”。最高级至最低级说明锦衣卫的官阶是为:指挥使、千百户、总旗、小旗等十七个官职,其余的职位,史书上并没详细描述。当中,经历司主管文书的出入,而镇抚司为其核心部份,职理狱讼,后分为南北司,北司理刑狱。当中,锦衣卫是无必要向皇帝直接表明案情,可以自以主张,并设有独立的法庭以及监狱,那就是说,锦衣卫和朝廷中的刑部都有公堂,有权拘留和进行对疑犯的审判,称之为“诏狱”或是“锦衣狱”,即为皇家监狱。而在锦衣卫所处理的案件中,“三法司”,即刑部、都察院与大理寺是无权干涉的。另外,若果有锦衣卫逝世,该位锦衣卫的亲属,如亲儿或是亲兄弟可成为其替补,无儿或兄弟则会于市上选择合条件的人作为代替,令锦衣卫中不会出现职位有空缺的情况。