1991年5月,中苏两国签署了《中苏国界东段协定》,确定成立两国联合勘界委员会,完成最后勘界工作。主要原则是,国界勘分以通航界河主航道中心线、非通航界河水面中心线为依据。
在此协定中,中方在基本实现获得阿穆尔河(黑龙江)和乌苏里江主航道中心线中方一侧岛屿(包括珍宝岛)主权的同时,还保留了经乌苏里斯基岛屿(黑瞎子岛)外侧两江水域的航行权和经图们江口的出海权。
联合委员会于1993年着手工作,到1998年为止,完成勘定东段国界的总长度为4 195.44公里,占中俄边界线总长度的98%。在陆地与河道上竖立了1 183座界桩(平均每隔2~3公里设一座),兴凯湖上设置了24个浮标,湖岸设有“两对”开放标志。经过合作测量,主航道中心线两侧共有1 163个江中岛屿或浅滩划归俄罗斯,1 281个划归中国。按照俄方的文献共计有600多个俄罗斯控制的岛屿被移交给中国。