1.缺乏龙头企业拉动，农业产业化进程缓慢。缺乏龙头企业的拉动成为制约经济发展、家场对接的重要原因。
2.整体发展水平低，龙头企业规模小，市场竞争力不强。目前全国的三分之一，农产品加工业产值在农业总产值中所占比重仅有40%一50%的初级农产品加工值。
3.利益联结机制不完善，农民获利少。利益联结机制是产业化经营白险共担、利益共享，是各地发展产业化经营必须高度重视的重要环节，了一些先进典型和做法，但从全国来看，农户和企业作为独立的市场主上，生产、价格、质量、服务等变化直接影响着联结的紧密和双方行为。
4.扶持政策落实不到位。近年来，人们对产业化经营的重要性的认定出台了一些政策措施，总体效果不错。但在一些地方仍存在扶持政策款以及促进发展的优惠措施在实施中打下了不少折扣，有的地方还停留在过硬的措施。
5.对农业产业化企业的认识存在偏差。如前所述，农业产业化经营企业、农户等市场主体的经营服务环节上的联合。一些地方为了农村产业从事农业产业经营，在政府的帮助下，他们长时间大面积租种农户耕任何联系。只因为企业从事农业生产当地政府就把他们当作农业产业化无任何作用，浪费了政府的财政支农资金，获利的是企业，失去了发展引起农户的不满。中央也不允许工商企业长时间大面积承包农户耕地。
6.在发展农业产业化经营中给农户打白条。一些农业产业化龙头企支付收购资金，影响了农户的生产积极性，对地方政府发展农业产业化持。
