(一)食用水解鱼蛋白 由于浓缩鱼蛋白是不溶性的，在扩大应用方面受到很大限制，研究者开始研究可溶性的水解鱼蛋白。
用酸碱或酶将鱼蛋白进行部分或全部水解使其成为水溶性的蛋白质，即是水解鱼蛋白。由于采用不同的水解方法和条件，有的产品在水中分散度很高，有的具有发泡能力，有的具有乳化能力，有的具有强保水性和膨胀性。
因此其应用范围除了作为营养补充剂外，还可作为乳化剂、发泡剂以及其他食品中的填充剂。由于各国使用的方法及工艺条件不同，水解鱼蛋白的工艺很多，这里仅介绍两种我国生产食用水解鱼蛋白的方法，供大家参考。
第一种方法 将洗净的原料捣碎后加5倍量的0.25％氢氧化钠稀溶液进行水解，浸渍16～20小时后，滤去不溶性的结缔组织，用醋酸中和到pH 4.5～5，使蛋白质呈絮状沉淀，过滤后洗到中性。
将所得蛋白质在-10℃冻结约20小时呈海绵状，取出压去水分，用5％醋酸乙酯、酒精溶液反复回流进行脱臭，再用乙醚脱脂即得半成品。
将半成品加8倍量1.5％氢氧化钠溶液，在水浴上加热1小时，用10％醋酸中和到pH7，按液量加入1％过氧化物使其澄清，再将其浓缩一半体积，进行喷雾干燥，即得成品。
第二种方法 将脱脂鱼粉加4～5倍量水和6％～10％石灰，直接利用蒸气加热至141℃水解3～4小时后用板框压滤机过滤，滤液加热浓缩到33％浓度，即可直接作为发泡剂使用，如果要求制成干粉，可再进行浓缩，喷雾干燥。
(二)药用水解鱼蛋白 包括蛋白胨、口服和注射水解鱼蛋白等。很多动物性蛋白都可用来生产这类产品，如酪蛋白、血纤维、动物肉等。鱼蛋白是药用水解蛋白的很好原料。蛋白胨和蛋白SHI是蛋白质水解的中间产物，是微生物繁殖的良好基质。
蛋白质水解条件不同，产品中胨和SHI的比例也不一样，胨的比例高者称为蛋白胨，SHI的比例高者称蛋白SHI。生产蛋白胨的原料除鱼肉、鱼粉以外，很多含有鱼蛋白的废料也可利用，如国外用湿法生产鱼粉时的压榨液浓缩后生产蛋白胨。
生产蛋白胨所用的水解剂，国内主要采用猪胰、商品蛋酶。上海鱼品加工厂是生产药用水解鱼蛋白品种最多的工厂，采用脱脂带鱼鱼粉，以猪胰和AT 3.942蛋白酶为水解剂生产生化试剂蛋白胨和水解蛋白注射液。
