（1）品种选择；秋番茄苗期正值高温多雨季节，易受病毒病的威胁，首先要考虑选用抗病品种。
（2）根据当地条件，确定适宜的播种期；播种过早，苗期高温期长，造成病毒病较重；播种偏晚，则影响后期果实的膨大，造成减产。
华北地区秋大棚番茄在7月上中旬播种，温室番茄在7月下旬到8月初播种。；
（3）播前进行种子处理；将种子用10%磷酸三钠溶液或1%的高锰酸钾溶液浸20分钟，取出用清水漂洗干净，风干后就可以播种了，对控制病毒病有一定作用。；
（4）苗床上要有遮阳降温和防雨设备；在中午阳光强烈时，盖苇帘或遮阳网遮阳降温，雨天时加盖塑料薄膜防雨，以防止秧苗徒长。出苗后应及时进行间苗。；
（5）在水分管理上采取小水勤浇；选晴天早上或傍晚日落后浇水。水分不足易造成生理障碍和病毒病的发生，水分过多又易造成徒长和感染青枯病。；
（6）苗龄不宜过长；对于大棚秋番茄，在苗长到2叶1心时定植，苗小伤根少，病毒病侵染机会也可减少。
对于日光温室的秋冬茬番茄，幼苗长至5片真叶时定植。定植应在阴天或下午4时后进行。；
（7）防治蚜虫、白粉虱及潜叶蝇；防治方法见番茄苗期病虫害防治。；秋番茄育苗适宜用穴盘育苗，大棚秋番茄育苗，用288孔穴盘，日光温室秋番茄育苗用128孔穴盘。穴盘育苗基质量少，夏天高温易干，水分不至于过多，勤浇水也可起到降温的作用，并且定植时不伤根，避免感染病毒病。
