我毕业论文里用的公司案例和网上一些论文的公司重了 会有影响吗

可以的，不影响，字母代替主要是为了避免可能产生的纠纷，在未经公司同意的前提下必须隐去真实公司名字，所以以字母代替。至于论文具体写作过程中公司名称用A-Z哪个字母去代替，通常情况下并无严格的要求规定的。