关于蝙蝠的起源,目前说法不一,这是因为蝙蝠的骨骼脆弱,保存下来的化石数量极少,没法完整地拼凑出蝙蝠的进化史,所以也就无法确定蝙蝠的起源以及演化过程是怎样的了。
从已经发现的化石证据来看,目前发现的最久远的蝙蝠化石距今5000万年,这说明在5000万年以前已经有古蝠了,从显示的蝙蝠骨骼结构来看,古蝠可能先是学会了在树与树之间滑翔的本领,继而飞向了天空,这表明古蝠原本生活在树上,常在树林间觅食。
有一种说法认为大蝙蝠亚目与小蝙蝠亚目起源是不一样的,大蝙蝠亚目的起源到现在还弄不清楚,因为它的化石发现的很少,仅在渐新世至中新世的欧洲等地有零星发现。
小蝙蝠亚目的化石发现的较多一些,人们推测小蝙蝠亚目可能起源于远古时期的小型食虫目。虽然目前发现的最早蝙蝠化石距今只有5000万年,但是从哺乳动物的遗传谱来看,蝙蝠的演化史恐怕有8000万年那么久,这样说的话,蝙蝠也是经历了6500万年前的那场生物大浩劫幸存下来的物种。
还有的说法认为,大蝙蝠亚目与小蝙蝠亚目起源是一样的,可能在8000万年前拥有共同的祖先,而祖先可能就是类似食虫目的最原始的真兽类