1.
酵素发酵第一阶段：糖化
糖化，指的是淀粉加水分解成甜味产物的过程，是食品发酵过程中许多中间产物的主要过程。
在酵素制作中，糖是不可缺少的成分，它的存在使发酵的最终产物成为酵素，而不是酒或者醋。糖为酵母菌、醋酸菌等有益菌提供了大量充足的养料，促使其大量繁殖，充分发酵，产生更多的生物活性成分和有机小分子。
2.
酵素发酵第二阶段：酒化
在微生物作用下，糖分解产生二氧化碳和乙醇，发酵活跃阶段会产生大量二氧化碳气体，然后进入酒化期，明显的特征是发酵蔬果已经逐渐下沉，口感有明显的酒精味，一般酒精度在5-20%，比纯粮食发酵的酒精度偏低。酒化期的酵素糖度已经稳定在低值，一般在0.2-1%，糖尿病患者的饮食图表中，一般新鲜蔬菜的糖度也有3%，所以说酵素发酵完成时，兑水饮用是比较安全的，对于酒精不适者也可以用
3.
酵素发酵第三阶段：醋化
在酵素的醋化阶段，乙醇会转化为乙酸，此阶段可产生大量有机酸，对软化血管、平衡人酸碱性非常有帮助。
其实，酵素在发酵过程中，加水进行发酵不是简单的稀释，而是为了让有益菌有更好的环境进行醋化分解，形成更多有益菌繁殖场，产生更多有机酸。
4.
酵素第四阶段：深度发酵
此阶段是决定酵素品质的阶段，也是产生超氧化物歧化酵素等酵素数量的关键阶段。研究发现，随时间推移，发酵时间越长，营养物质越丰富，酵素品质也越好。此外，在该阶段还可以适当再加入其它帮助深层发酵的发酵菌。
