第一个故事,(1-6集)是上条当麻在阳台上偶遇一个修女--index,从而接触到了魔法世界.然后惊愕的发现这个修女正在被人追杀,出于年轻人的热血,他用自己的右手--幻想杀手跟魔法师抗争了起来,却慢慢的发现魔法师并不是要害index,而是为了index好,必须消除她的记忆才能让他活下去,这个时候当麻意外的发现魔法师们也被骗了,index必须被消除记忆是个骗局,当麻用自己的右手打败了index的束缚,但是同时也被龙王叹息的碎片打中头部,失忆了.
第二个故事,(7-9集)是说当麻隐瞒了自己失忆的事情,为了掩盖这个谎言,被迫卷入了一个吸血鬼杀手的魔术事件,最后解救了吸血鬼杀手:姬神秋莎,但是当麻却隐隐约约觉得自己的右手似乎隐藏了什么
第三个故事,(10-14集),上条当麻曾经意外的结识了学院都市最强7人中的第三位,超电磁炮御坂美琴,(并且相互很暧昧,呵呵,美琴很喜欢当麻),但是在跟美琴的交往中却发现她有一个不为人知的秘密:level6计划,学院都市克隆了两万个美琴的克隆体,给学院都市第一名:"一方通行"肆意的杀害,来达成一方通行的进化,对此美琴决定跟一方通行决死一战,这个时候当麻英雄救美,用幻想杀手打败了学院都市的绝对王者一方通行,终结了这个荒谬的level6计划.
第四个故事,(15-17集),天使坠落事件:上条当麻的父亲因为无意间发动了一个魔法阵,导致世界上所有的人的外表和灵魂错位,而且使一位天使坠落凡间,天使为了回到天上,想要杀掉发动法阵的人,这个时候上条当麻和几位魔术师通过自己的努力,一边对抗天使,一边毁掉了法阵,世界回复正常
第五个故事:(18集)有人冒充海原光贵(暗组group成员,第二部会说)追求御坂美琴,当麻发现这个人竟然是aztec魔法师,打败魔术师后,美琴意外的听到了当麻对她的真心话(囧了,美琴真的爱上当麻了...)
第六个故事,(19-20集)这个故事是一个小插曲,说的是第三个故事结束后,两万个克隆体被送走到全球各地,只剩下20001号,一个小小美琴,还没长大(幼女形态),但是计划结束了,她被抛弃了,流浪街头,找到了被当麻打败过的NO.1:一方通行.并且发生了一系列故事,最后为了救小幼女美琴(名叫lastorder,最终之作),一方通行被击中前额叶,失去了傲视全学院都市的计算能力,只能靠电池度日.(这是为了第二部一方通行发飙做伏笔啦)
最后一个故事,(21-25集)人工天使故事:风斩冰华,是学院都市所有超能力扩散力场的实体化,跟魔法世界的天使是一个概念,她实体化后和女主角INDEX结下了深厚的友谊,这个时候,魔法世界竟然来了一个人要杀掉index,这个时候当麻挺身而出,打败了魔法师,而且用幻想杀手秒杀了石巨人.冰华也重新回到虚数学区.....