在平菇栽培中，发菌阶段的管理是非常重要的，这是栽培成败的关键。
1、温度：一般接种后2—3天，菌丝开始恢复。菌丝生长的最适温度是23—27℃。所以温度管理应尽可能达到或接近这个范围。生料栽培或开放式栽培，培养料中还有其它微生物活动产生呼吸热，料温将比室温高出2－3℃甚至更多。所以要密切注意料温变化，采取相应的散热措施，降低培养室的温度。
2、湿度：这个阶段的空气相对湿度要求控制在80%以下，菇房和菌床都不能喷水，湿度大了污染率高。
3、光照：菌丝生长阶段，光照对菌丝生长不利，尤其不能让直射阳光照上菌床。培养室的窗子要挂上黑色窗帘。除检查用光外培养室不要随意开灯。
4、空气：空气对平菇菌丝生长也很重要，虽然菌丝生长阶段能耐较高浓度的二氧化碳，但二氧化碳浓度过高也会抑制菌丝生长，严重缺氧菌丝会老化窒息而死。培养室若通气不良，菌丝的呼吸热散不掉，会致使料温上升，烧坏菌丝。
5、膜床：接种以后7—10天菌丝长满菌床表面，在这之前是杂菌污染的危险期。这阶段原则上不能揭膜，只有在料温超过30℃，不揭膜就会烧坏菌丝时，才能揭膜通风降温。
菌丝长满菌床表面后，每天应揭膜透气10—20分钟。因为随着菌丝量的增多，呼吸热和二氧化碳的量也多，所以需要揭膜透气。
二、平菇出菇期管理
菌丝长满后一般要再经7天后熟期培养，方可进入出菇期管理。
1、菌丝长满后要把菌袋堆放成排，一般堆4-7层高。当袋口处有小菇蕾形成时，除去袋口报纸，小菇蕾形成初期，可少量多次向菇棚（房）空中喷雾状水，保持地面湿润，但切忌向菇蕾喷水。
2、当菇蕾分化出菇盖、菇柄时才可喷雾化水，并宜少喷、细喷、勤喷，同时保持地面湿润，当菇盖长到3cm以上时才可喷水到菇体上。出菇期间，菇棚（房）空气相对湿度最好保持在85～95%。
3、平菇长到菌盖边缘尚未完全展开时要及时采收。采收完一潮菇后，要停止喷水3-7天，以促进菌丝生长和菌包转潮出菇，当菌包有菇蕾出现时再进行适当喷水，以刺激新一潮菇体的形成。
