结局：真从昏迷中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，失去信念依托的他在露娜玛丽亚的怀里痛哭不已。
基拉独身一人进入弥赛亚要塞的指挥部，在那里等待着他的正是杜朗达尔。
就在持枪相向的两人以各自的理念发生激烈碰撞的时候，雷和塔丽亚也先后来到了这里。
枪声响起，杜朗达尔倒了下去，然而开枪的却是被基拉的话所打动而不愿没有明天的雷，塔丽亚让基拉迅速撤出即将爆炸的弥赛亚要塞，自己则留下来陪伴杜朗达尔和雷。
在众人的注视下，弥赛亚要塞永远地消失了；宇宙中满目间只剩下无数的残骸（剧终）。扩展资料：剧情简介——《SEED Destiny》的故事发生在《SEED》故事的两年后。起于欧普联合领导人卡嘉丽·尤拉·阿斯哈与PLANT时任议长吉尔伯特·杜兰达尔在PLANT殖民卫星的会面。
当双方讨论到战时流落到PLANT的欧普技术人员的去向问题时，同一殖民卫星中发生了机动战士抢夺事件，三架新造机动战士被名为“幻痛”的神秘武装组织派特工潜入并成功抢夺走，该组织由名为“蓝色宇宙”的极端组织所操控。
此时身份为卡嘉丽保镖的阿斯兰·萨拉加入PLANT武装部队ZAFT飞行员真·飞鸟他们的队伍，搭乘ZAFT战舰“密涅瓦”号一同追讨被抢夺走的几架机动战士。
在战斗中，“密涅瓦”号奉命摧毁一个殖民卫星残骸，以防止它撞上地球。
他们发现一部分流亡的ZAFT军士兵控制了殖民卫星残骸以便让它直接撞击地球。
在未能完全破坏坠往地球表面的殖民卫星残骸之后，ZAFT军士兵导致的殖民卫星坠落地球的消息传开了，这导致了地球联合和ZAFT军派系之间爆发了第二次战争。
中立国欧普联合和地球联合结盟，前者也同时加入了“蓝色宇宙”。
这一系列突变导致了这三方之间与ZAFT军发生了数次交火，与此同时阿斯兰也暨由这一连串事件而返回了PLANT并加入ZAFT军。
