棉花的根系的主要功能是吸收水分和矿物养分;并起到固定棉株的作用;同时根也是活跃的代谢中心之一,具有较强的合成能力;还能临时储藏一些矿质养分。
棉花的茎和枝是棉株地上部的躯干,通过其间的输导组织将根系、叶子和蕾、铃联结成一个有机整体,同时茎、枝对棉株的地上部也起到支持作用,它是决定叶层与结铃部位能否合理分布的重要因素。
棉花的叶具有光合、吸收、蒸腾、储存作用。
棉花的蕾是花的雏形,花芽的发生与分化,花蕾的发育,以及整个开花受精的过程,直接关系到棉花经济产量的形成。
棉花的铃由受精后的子房发育而成,俗称棉桃,由棉籽和棉纤维组成。棉籽具有遗传作用。