三一八事件后，全国舆论沸腾。3月19日，各地舆论纷纷谴责国务院门口屠杀。3月20日，北京政府自知理屈，国务总理贾德耀引咎辞职。执政段祺瑞亦明令抚恤死者，医治伤者。同日，中共中央发表《为段祺瑞屠杀人民告全国民众书》，号召“全国商人、学生、工人、农民、兵士，应急起联合起来，不分党派，一致奋斗，发动一个比‘五卅’运动更伟大的运动，以雪最后通牒之耻”。3月23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行“三一八死难烈士追悼大会”。鲁迅题写挽联：“死了倒也罢了，活着又怎么做。”后又就此惨案连续写了七篇檄文。由刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城。
强大民意压力迫使段祺瑞政府召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。”
1926年4月9日，鹿钟麟率国民军以段祺瑞暗通奉系为罪名包围国务院，段祺瑞逃入东交民巷法国使馆，执政府倒台。4月17日奉军占领北京。奉军进京后查封《京报》馆和一批报刊，邵飘萍于4月26日清晨被秘密处决。张学良逮捕了共产党员郭隆真，然后派奉军闯进北大、女师大、中俄大学等，大肆查禁书刊，搜捕反对人士。
