主要是土壤污染、土质下降，作物生长抑制等。
除草剂有一定的副作用，在使用过程中会产生很多危害，一般来说，除草剂对植物、病原体、土壤微生物及环境等都有一定的影响。而且它不止会造成环境污染，也会间接对人体造成伤害。
土地污染：农田喷施除草剂后，不被杂草吸收的的除草剂成分会游离存在于土壤中。目前，使用的化学除草剂有多数是长残留型，它们在土壤中的残留期一般可达36个月以上。根据调查，目前生产中普遍使用的除草剂中有20%~70%会长期残留于土壤中，从而使土壤、地下水、粮食受到污染。
不利于农作物生产：农作物会吸收并积蓄除草剂，其生物组织会遭到一定程度的破坏，无法合成其应具备的某些营养元素，从而导致作物果实中的某些营养成分缺失。除草剂在正常用量情况下，对小麦、玉米、大豆、棉花等作物都有一定的抑制作用，若使用不合理，影响农作物正常发育和成熟，导致隐性减产。湖南省研究试验表明，除草剂副作用可导致水稻、小麦、大豆、玉米减产10.5%~26.8%。 任何除草剂在土壤中都有一定的残留期，有的甚至长达3~5年，在除草剂残留量大时，后茬种植敏感作物时易产生药害，植株无法正常生长，严重的导致绝收。比如辣椒新生叶不能正常展开，雏缩伸长，叶缘扭曲，果类严重畸形，形似“多胞胎”，无商品价值。
土质下降，土地“癌化”就是人们所说的“癌症田”，无法改茬，目标作物产量低或根本没有收成。在我国的东北地区，黑龙江、吉林等地，因长期过量使用除草剂，已出现大面积的“癌症田”。
而且它不止会造成环境污染，也会间接对人体造成伤害。动物食用除草剂污染的饲料，侵害其肝、肾、消化器官，造成食欲下降，造血功能受损，逐渐消瘦，衰竭而亡。据来自贵州省的报道，除草剂残留中毒造成一牧业发展有限公司42 只怀孕母羊流产，33只患羊死亡。这些现象在牧区表现比较突出。人类食用受除草剂残留染污的食品，对健康造成严重的影响，可以造成脱发、白血病、肿瘤、肾坏死、股骨头坏死、孕妇易流产等多种疾病。如越南曾因战争原因，其大面积国土被喷洒8 000 万L 橙剂高效除草剂。多年后，仍有约 300 万越南人遭受此除草剂残留引发的癌症、基因变异、女性不孕等疾病的折磨。
