一是植株形态不同
茵陈蒿：为半灌木状多年生草本，根斜生，树根状或直生呈圆锥形。茎斜生，数个丛生，具纵沟棱。基生叶2回羽状分裂，下部叶裂片较宽短，常被短绢毛；中部以上的叶裂片细，毛发状，先端微尖；上部叶羽状分裂，3裂或不裂。不育枝叶向上部渐长大，1-2回羽状全裂，裂片丝状线形。头状花序下垂，茎顶排列成扩展的圆锥状，瘦果。花期8-9月，果期9-10月。
麦蒿：为一年生草本，全株具较强挥发油气味。基生叶平铺地面，开花时凋谢；茎生叶互生，幼时绿色，老时变为黄褐色，无毛；叶片通常为三回羽状全裂，裂片短细。头状花序细小，球形，具细软短梗，多数组成圆锥状；花全为管状花，黄色，外围为雌花，中央为两性花。瘦果椭圆形。
二是特点不同
茵陈蒿：多卷缩成团状，灰白色或灰绿色。全体密被白色茸毛，绵软如绒。茎细小，长1.5-2.5cm，直径0.1-0.2cm，除去表面白色茸毛后可见明显纵纹；质脆，易折断。叶具柄，展平后呈一至三回羽状分裂，叶片长2-5cm，宽1.5-3.5cm；小裂片呈卵形或稍呈倒披针形、条形，先端锐尖。气清香，味微苦。
麦蒿：茎呈圆柱形，上部多分枝；质略硬，易折断，断面中部有髓。叶互生，色泽为暗绿色或棕绿色，卷缩状，质地易碎。气香特异，味微苦。
