(一)气候变化灭城说
澳大利亚考古学家说，气候变化是造成吴哥古城废弃的主要原因。悉尼大学的考古学家说其消失的根本原因是水资源危机。高棉人为了维持古城100万人口的生存不得不谨慎管理用水系统。但在两个庞大建筑中发现的阻塞物显示，此系统在吴哥城存在的历史末期已开始失去作用。
近来的发掘全部指向了一个新答案。吴哥就是毁在这个把一大堆小封地转变成帝国的巧妙设计上。吴哥文明学会了要怎么驯服东南亚季节性的洪水，却又因为无法掌握水资源而走向没落。
而实地调查与新发现专家推论，由气候变化带来的新的季风类型使古城无法支撑而导致废弃。
(二)外敌入侵灭绝说
吴哥曾先后两次遭到洗劫和破坏。第一次是1177年占婆人劫掠了柬埔寨，第二次是在1431年，暹罗军攻陷了吴哥。至此，吴哥遭到了严重破坏，王朝被迫迁都金边，吴哥王朝从此走向灭亡。
但外敌入侵可能导致王朝的改朝换代，却无法使—个民族的人民统统消失。吴哥地区的百万人口，一时间这些人到底到哪儿去了呢?
(三)外星文明说
电视系列片《Quest for the Lost Civilization》(探索失落的文明)中说，吴哥古迹虽然为9至15世纪的建筑，但从其建造材料看，不像几百年前这么简单，而且吴哥古迹中有十多个寺的布局与星空中的天龙座在10500年前的排列吻合，吴哥古迹还与「54」这个数字有不解之缘，地球上的远古文明和星空中的遥远星座同样神秘莫测，难道它们之间居然有着的某种内在的联系?甚至有学者直言，吴哥王朝是外星文明，一下子消失的高棉人是回到天龙座去了。
(四)生态破坏导致灭亡
先前学界推测，环境灾难可能也是高棉帝国文明在十四世纪衰亡的原因，探测学者表示，雷达扫瞄发现的许多证据也支持这样的说法──沟渠和河坝开裂、修补系统的尝试痕迹，以及暗示水流泛滥的地层成层状况。
