佛手瓜是一般8月下旬方能现蕾，8月底9月初始花，其中雌花先于雄花一周左右开放。每朵雌花的花期为4~5天，每朵雄花的花期稍短，为3~4天，雌、雄均以早上9~10时开放最多。雌花开放当天即可授粉，雌蕊的授粉能力可持续4~5天，但以开放当天最强。雌花授粉后第二天花瓣即合拢，以后不再开放，而未授粉的则一直张开，随后自行脱落。雄花序近基部的花先开放，然后向顶端陆续开放。
佛手瓜的幼瓜在雌花开放时已有花生仁大小，受精后幼瓜生长膨大速度逐渐加快，受精后10~15天生长最快，20~25天即可采收供食用，此时瓜重一般为200克左右，但如要留作种瓜，则应在受精后25~30天采收为宜。雌花未受精的幼瓜则很快黄缩脱落。不过，有试验证实，用2毫摩尔GA4/7处理未受精的雌花，可获得无籽果实，且大小可观。
佛手瓜的枝蔓在生长后期几乎每个叶腋都有雌花着生，但在自然条件下，往往大量雌花因不能授粉而脱落。此外，还有一些受精后的幼瓜因营养不良而落果。在生产中，花期注重保持土壤湿润或进行叶面喷施赤霉素可明显提高坐果率。另据观察，在我国北方，佛手瓜的主要传粉者是蜜蜂，花期蜜蜂的多少和气候状况对授粉、坐果和产量有明显影响。一般温暖湿润的天气加上蜜蜂多，则花的授粉率高，坐果也多；连续阴雨或干旱易造成大量落花落果。在蜜蜂较少的情况下，可通过人工辅助授粉来提高坐果率。
