一直想要打败游戏重新夺回三张神之卡的海马濑人，为了找到能打败游戏的卡而去找贝卡斯，并且从贝卡斯那里了解到贝卡斯他确实有那样的卡片，于是海马用三张青眼白龙做赌注向贝卡斯挑战赌牌决斗并战胜了他，按照贝卡斯的预想，海马应该只从贝卡斯给他提供的牌组里拿走青眼光龙一张卡，但海马却拿走了两张卡，按照海马的作风，他是不会对贝卡斯牌组里的其他卡片感兴趣的，于是贝卡斯立刻就感到，事情不妙，想阻止，却无济于事。 另一方面，游戏在博物馆参观一批刚从埃及运回来的文物时，发现了一个与自己的千年积木相似的水晶做的金字塔，据说这是光之王的象征，正当他要仔细看时，旁边的木乃伊复活了！它夺走了水晶金字塔，还把游戏等人打昏，处于昏迷状态的游戏听到预言，说是光之王与暗之王战斗后破坏之王将会苏醒，并看到水晶金字塔与千年积木发生碰撞并毁了千年积木！就在大家从博物馆出来时，海马的挑战书到了，冥冥之中似乎在暗示什么。 到达海马处的游戏想阻止这场战斗，但海马却不听，游戏不得已决定用决斗来改变预言，但海马在诱引游戏召唤出三幻神后，面对三幻神一阵冷笑举起了一张卡，那边是那张与青眼光龙一起从贝卡斯那里得到的卡片------光之金字塔！，由于卡的力量，三幻神被消灭了，游戏的表面人格也被封印在千年积木里出不来了，海马却又以青眼的究极龙作祭品，召唤出那张贝卡斯所说的超越神的卡片------青眼光龙！并用它将游戏逼到了绝境，此时，那个将光之金字塔放入贝卡斯牌组，让游戏听到预言的幕后人终于出现了，他就是------ 敬请期待！ 本片可以说得上是第一部真正意义上的游戏王剧场版，唯美的画风，加上恰到好处的背景音乐，让人仿佛身临其境。与第一部剧场版那让人大呼上当的效果形成巨大反差，是不绝对容错过的视觉盛宴，夏日里的冰凉大餐！
