最早的一支是上古时期仓颉的后代，据《汉上谷长史侯相碑》所记载：“侯氏，出自仓颉之后。”仓颉，即苍颉，史书中说他是黄帝的史官，是汉字的创始者。相传他是今河南南乐县人。《周地记》说：“仓颉姓侯冈氏，名颉”。他的后代有一支住在冯翊衙县（今陕西白水县），简称为侯氏。
《姓氏考略》说：“侯氏出自姒姓。夏后氏之裔封于侯，子孙因以为氏。”这里的“夏后氏”，即古部落名，相传禹是其领袖。姒姓，是中国最古老的姓氏之一，代表了源自夏禹的家族和世系。
据《史记·晋世家》记载，晋国是公元前11世纪西周分封的姬姓诸侯国，建都于唐（今山西翼城西）。
至春秋初期，晋昭侯分封叔父成师于曲沃，造成分裂局面，历孝侯、鄂侯、哀侯、小子侯，至晋侯缗，于公元前678年被曲沃武公（即晋武公）杀死，其子孙逃难到其他诸侯国，以祖上原来的爵号“侯”为姓氏，又形成一支侯氏。
侯姓还有一支也出自姬姓，据《金乡长侯成碑》记载，春秋初期，郑庄公的弟弟叔段因谋反，为郑庄公所伐，先逃到鄢，又逃到共（今河南辉县），故又称共叔段。
共叔段死后，郑庄公赐他的儿子共仲姓侯，从而又形成一支侯氏。
侯氏中还有一支是少数民族姓氏所改。《通志·氏族略》所记，鲜卑族中有一支部落，原为复姓“侯莫陈氏”，北魏孝文帝于494年迁都洛阳后，由于其后裔逐渐被汉族同化，于是将姓氏省略为单姓，将其改为候氏。
由此可得知，侯姓也是一个多民族的姓氏。
侯氏虽源出多支，但早期主要是在今河南、山东省境内，在其发展繁衍过程中，很快就播迁到河北等地。秦汉之际，在今河北省的中部、西部地区，已有侯氏，并很快成为当地的盛族。西晋至南北朝时期，侯氏有迁至今贵州、四川、广东、内蒙、辽宁等地。
唐代的《元和姓纂》中列上谷、丹徒、三水、绛郡（今山西新绛）、河南（今河南洛阳）为侯氏郡望，侯氏还分布于今陕西、福建的一些地区。到了宋、明时期，侯氏的聚居点已遍布今湖南、湖北、江苏、江西、浙江、广西、北京、上海等省市。从清初开始，福建、广东的侯氏陆续有人迁至台湾，此后，又有移居海外者。
历史上，侯氏的表现不俗。侯姓人物在二十四史中单独立传者57人，被收入《中国人名大辞典》者121人。战国时魏国人侯赢，70岁时任大梁（今河南开封）夷门的守门小吏，后被信陵君（魏公子无忌）迎为上客，曾献计信陵君。胜秦救赵，为时人推重。
西汉高帝时有酷吏侯封。东汉初有河南人侯霸，熟知旧制，官至大司徒，封关内侯。南朝人侯景，先属北魏，继归高欢，又降梁，受封为河南王，后举兵叛变，攻破建康（今南京），于 551年废梁帝自立，国号汉，到处烧杀掠夺，次年被梁将陈霸先等所破，侯景逃亡时被部下杀死，史称侯景之乱。
隋代的侯白，性滑稽，善说讽刺诙谐的话，后世遂称诙谐的演员为候白。唐初有大将侯君集，太宗时曾任宰相。唐代还有侯固，文宗太和中登第，官至鄜坊灵武节度使同平章事。北宋有治水专家侯叔献。辽末有农民起义首领侯槩。明代有宦官、航海家侯显，当时名望仅次于郑和；还有兵部侍郎侯恂，其子侯方域，明末与方以智等称“四公子”，后入清，能诗文，有才名，著有《庄悔堂文集》、《四忆堂诗集》。
明代孔尚任所作传奇剧本《桃花扇》，就是描写侯方域与秦淮名妓李香君的爱情故事。清代有女文学家侯芝。近现代有化学家侯德榜，病理学家、医学教育家侯宝璋，艺术家侯俊山，表演艺术家、相声大师侯宝林等人。
在当今以人口多少为序的中国百家姓氏中，侯姓排名第82位。
