1.加工原料来源不同
祁门红茶主要采用祁门当地的优质中生种茶树鲜叶制作，内含物质丰富，酶活性高，一采摘一芽二叶和一芽三叶原料为主，后期祁红功夫茶采摘原料略大些。正山小种采用的是桐木关当地小叶种茶树鲜叶为主要原料，原叶采摘标准为一芽三叶为主。
2.制作工艺不同
正山小种是红茶鼻祖，其所创制的红茶工艺是最原生的，要经过萎凋、揉捻和发酵工序，再采用松柴烘干。祁门红茶的制作工艺来源于正山小种，但又与其有一定的区别，主要包括采摘、粗制和精制三个过程。最主要的形态特征就是在干燥的时候，不使用烟熏或者松柴干燥，所以祁门红茶没有烟熏味。
3.成品特征不同
正山小种外形条索肥实，色泽乌润，干茶带有一定的松香。其主要的形态有叶茶、碎茶、片茶、末茶、菜茶5个品种。祁门红茶条索紧结细小，苗秀显毫，色泽上比正山小种更加乌润油亮，香气清幽持久，似花似果似蜜，独具韵味。祁门红茶的主要品种包括传统工夫红茶、祁红毛峰、祁红香螺和祁红金针等。
4.冲泡体验不同
祁门红茶冲泡以后香气持久，属于独有的祁门香，花香和果香兼具，汤色红颜明亮，十分诱人，口感滋味醇厚，回甘极好，耐泡度方面可以冲泡5~6次。叶底整体比较完整，鲜活有力。正山小种冲泡后颜色比祁门红茶略深，同属红亮的范畴，香气方面有比较明显的松烟熏香，口感醇和，回味悠长，叶底比较嫩，柔软肥厚，相较于祁红原叶而言，冲泡次数可以达到8次之多。
