最终BOSS是织田信长。
左马介在巴黎艾菲尔铁塔上把变身妖魔的森兰丸，弄死以后跟杰克汇合， 不料杰克的儿子被还没死的森兰丸弄死， 然后杰克的鬼手用鬼武者力量把儿子救活了但是杰克的鬼武者能力就消失了。
告别以后左马介进入时光机返回鬼3一开始的本能寺， 进去和信长决一死战， 信长先是人形态， 打死以后又活了并且变成妖魔把左马介杀了。
这时时光穿梭中的左马介赶来和古代的自己合体成真，鬼武者和妖魔化的信长最终决战 ，途中会把信长的灵魂不断吸取并注入信长插在地上那把剑 ，是只有真正的鬼武者才能使用的一把巨剑 ，最后把信长劈了完事， 如果游戏过程中收集了所有小精灵的衣服结局会不一样， 左马介跟小精灵道别， 但是小精灵不让他走， 并且一变身翅膀没有了， 变成真人一样大的小姑娘和他一起走了。
远处妖魔大军还在进军头领竟然是1代中的木下藤吉郎（也就是丰臣秀吉）， 红色的眼睛估计也变妖了 至此古剑奇谭2完结。
剧版古剑奇谭2的最终boss和大概剧情：
1、最终BOSS是心魔附身的沈曦。
2、被中原将军收养的西域王子乐无异，百草谷天罡闻人羽，半妖皇子夏夷则，神女墓露草化人形的阿阮，因为一些原因和目的，聚在一起要凑集昭明剑心，剑柄，剑身。
