办公室。负责机关日常运转,负责党建、纪检、宣传、安全、信息、政务公开等工作;负责机关及所属单位的干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训、绩效管理等工作;指导全市水利系统人才工作和职工队伍建设;负责离退休干部工作。
财务审计科。指导水利系统财务会计和系统内审计工作;负责编制市级水利部门预算并监督执行;负责市级水利资金的使用及监督管理;负责市级水利国有资产的监督管理工作;提出有关水利的价格、收费、信贷的建议;负责所属事业单位财务管理、系统内审计和领导干部的任期经济责任审计工作。
工程管理科(规划科、质量监督科)。拟订全市水利发展规划,组织编制区域等。