第39集杨灿接诗文回家，他想让诗文成为世界上最幸福最快乐的女人。趁杨灿看孕验报告书的时候，诗文用手机打字告诉杨灿，沈莉是真的那敏，她的牺牲是组织安排的，这一年一直潜伏在by集团当清洁工。
杨灿得知这个消息话都说不出来了，那敏没有牺牲让他如释重负。
教授升级了之前的病毒，只要把这个新病毒放进tpr系统里，就会让电力系统的tty防御系统瘫痪。
火狐不放心杨灿，派了两个手下跟着去执行任务。
常健安指示利用这次行动甩开敌人，策反教授。
杨灿带着他的秘书“沈莉”、教授和火狐的两个手下，五人伪装成保卫部的，混入电力系统机房。
教授找到主机，插入闪存等待值入病毒。
卫铁军带队进入大楼，混战中杀死火狐的两个手下，杨灿挟持卫铁军走出大楼，开车“逃走”。
杨灿摆脱火狐后，带着教授到约定的地点见到了女儿张玲玲。教授得知了真相。教授深知只有消灭了绿玛瑙，他和女儿才能真正的安全。作为绿玛瑙基金暗夜计划的技术总负责人，教授觉得自己也犯下了不少罪。绿玛瑙杀害妻子，绑架女儿，还胁迫自己为他们做事，教授觉得不仅为了复仇，就是为了赎罪也要把绿玛瑙一网打尽。
他愿意和特战队合作。
教授建议借口tty系统升级，新研制的病毒无法缉龚光夹叱蝗癸伟含连破解，然后引诱绿玛瑙用自己的主网攻击目标，趁机值入病毒，毁掉他们的系统，获取他们的内部资料，做为他们犯罪的罪证。
绿玛瑙的会长亲自来中国督战。火狐前去接机。林指山宣布暗夜计划实施，病毒开始破解系统。任何知道暗夜计划的人都不能离开by集团总部大楼。
陆长风做最后的战前部署。他向大家出示敌人的主犯林指山、蓝雪和火狐。
当需要特别保护人员的照片中出现杨灿、柳诗文和那敏时，队员们都长吁一口气，原来之前错怪杨灿了，他和那队并没有离开，一直和大家在一起并肩战斗。
得知那敏没有牺牲，厉剑峰的眼眶红了。
教授值入的新病毒没有奏效，因为电力中心升级了tty防御系统。
教授建议用绿玛瑙基金的主网，强行攻入电力系统内部。但这项行动需要得知电力系统的网络密码。
会长从火狐那得知林指山的病毒并没有攻克tpr系统的防御体系，生气地撤回了资金资助。
林指山急于逼杨爱萍说出系统设置的网络密钥。
诗文肚子痛，林指山安排蓝雪送她去医院检查。在医院，诗文正好遇到因为劳累过度而送来医院的杨爱萍。诗文陪杨爱萍一起回家，发现林指山正在家里。
