蛋白棉用于水族的净水通常是处理鱼缸的黄水，这是利用其吸附作用，也是一种交换反应。蛋白棉里的离子通过交换水中固体离子，同时释放一个等价弱碱性OH⁻离子出来。当然，同时也能吸附水中杂散离子，从而达到净化水的目的。
既然是交换的过程，那么，很明显，蛋白棉在去除黄水的同时，极有可能会将水中酸分子吸附，交换酸性离子释放碱性离子，结果就肯定会导致水体PH值的改变！我们常说的跌酸也就是这个原理，因此，在使用蛋白棉净水的时候我们需要谨慎，否则虽然水是变清了，但是水的酸碱度激烈动荡造成的水质变化，进而导致水里生物产生健康问题就得不偿失了。
缺点：并不是所有的鱼缸都适合蛋白绵做滤材。
蛋白棉不建议放在网眼细小的进水口、前置桶等地方，否则很容易因为吸附杂物堵塞水流畅通，特别是用在过滤筒里，毕竟你不能直观看到，更换起来也比较麻烦。
因为蛋白棉会改变水体酸碱度，所以只能短期使用，不要长期使用。无论蛋白棉放在鱼缸哪个位置，一旦净水效果显现以后就要拿出来，附带少量换水保持水质的酸碱度基本不变。
理论上，蛋白棉直接放到鱼缸里也没有什么问题，不过我不建议这么做。如果小鱼缸，没有条件单独放在水流循环的地方，那么，一定要记得：你不能把蛋白棉长期放在鱼缸里，否则水清了，鱼也挂了。
