1.讲的是宁采臣和小倩想事相知相爱，最后一起应对姥姥的故事，最后小倩牺牲了。
2.讲的是过了好多年宁采臣一个人流浪江湖，最后和聂小倩长相一样，以为他是小倩转世，发生的情感纠缠。
3讲的是小和尚十方和女鬼小卓的故事，小卓做了十方打败反派差点牺牲，最后十方带走小卓的骨灰，这样小卓就可以一直陪着他。
第一部描述书生宁采臣到兰若寺躲雨，为道士燕赤霞所拒。夜半，被少女聂小倩美妙琴音吸引，两人自此交往甚密。不料小倩乃树精姥姥所操纵的女鬼，正在寻找壮男吸取阳精。燕赤霞义助宁采臣对付姥姥，并玉成他们这对人鬼恋人
第二部是第一集的延续，主线仍沿着主角宁采臣发展。故事发生于一个朝政混乱、民生困苦的朝代，宁采臣助小倩转世，又与燕赤霞分手后，无辜被诬陷入狱。幸得通天博士诸葛卧龙相助，逃狱成功后来更与鬼马道士知秋一叶因误会以至相交，并投宿于一荒废山庄。原来这山庄尽是忠义之士，在侠女傅青风及其妹傅月池的带领下，准备营救他们被诬陷入狱的父亲傅天仇。宁采臣发觉傅青风容貌酷似旧爱小倩，以为是小倩投胎，遂留下试探，怎料竟堕进一段三角恋爱中。将军左千户此时正押解傅天仇到山庄附近，其实左千户也是一为爱国志士。他提议众人求助于护法国师，岂料这国师实为妖精化身！宁采臣与傅青风几经辛苦到兰若寺寻得燕赤霞相助，正邪之间遂展开一场生死大战
第三部小和尚十方随师父白云护送金佛，在兰若寺遇到女鬼小卓与小蝶。十方放走小卓，但白云却被姥姥所擒。姥姥逼小卓嫁给黑山老妖，小卓向十方求助，十方掘出小卓骸骨逃出兰若寺，并在剑侠燕赤霞的帮助下救出师父。在斗法中燕与白云合力消灭了姥姥，但此时黑山老妖用黑云遮天，欲将其一网打尽。十方唯有化成佛祖金身，由小卓带着飞上天空接太阳纯阳之气，借以消灭老妖。
